R语言 RTools4TB包 DBF()函数中文帮助文档(中英文对照)

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DBF(RTools4TB)
DBF()所属R语言包：RTools4TB

                                        Density-Based Filtering.
                                         基于密度的筛选。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is an internal function used by DBFMCL to detect informative elements (i.e., those that belong to dense regions). User should not use this function. Instead they can use the DBFMCL function with clustering argument set to FALSE.
此功能是一个内部函数，用来检测信息元素（即，那些属于密集区域）DBFMCL。用户不应该使用此功能。相反，他们可以使用DBFMCL设置为clustering的说法FALSE功能。


用法----------Usage----------


DBF(data, name = NULL, distance.method = c("spearman", "pearson", "euclidean", "spm", "spgm"), silent = FALSE, k = 100, random = 3, fdr = 10, memory.used = 1024, set.seed = 123, returnRank = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：data
a matrix or data.frame
矩阵或数据框


参数：name
a prefix for the file name
文件名前缀


参数：distance.method
a method to compute the distance to the k-th nearest neighbor. One of "pearson" (Pearson's correlation coefficient-based distance), "spearman" (Spearman's rho-based distance), "euclidean", "spm" or "spgm". Note that the "spm" distance corresponds to the arithmetic mean of pearson- and spearman-based distance : ("pearson"+"spearman")/2 whereas "spgm" computes their geometric mean : sqrt("pearson"*"spearman").
一种方法来计算距离的k个近邻。 “皮尔逊（Pearson相关系数为基础的距离）”，“矛”（斯皮尔曼的RHO基于距离），“欧几里德”，“SPM”或“spgm”之一。请注意，“SPM”的距离对应的算术平均皮尔森，和Spearman距离：（“培+”矛“）/ 2的”spgm“，而其几何平均数计算：SQRT（”培“ *“矛”）


参数：silent
if set to TRUE (default), the progression of distance matrix calculation is not displayed.
如果设置为true（默认），距离矩阵计算的进展不显示。


参数：k
the neighborhood size.
附近的大小。


参数：random
the number of simulated distributions S to compute. By default random = FALSE.
模拟分布的数S计算。默认情况下random = FALSE。


参数：fdr
a value for the false discovery rate.
一个虚假的发现率的价值。


参数：memory.used
size of the memory used to store part of the distance matrix. The subsequent sub-matrix is used to computed simulated distances to the k-th nearest neighbor (see detail section).
大小的内存用于存储距离矩阵的一部分。随后子矩阵是用来模拟计算距离的k个近邻（见细节部分）。


参数：set.seed
specify seeds for random number generator.   
指定随机数发生器的种子。


参数：returnRank
This argument modifies the output. Given a set of elements conserved after the filtering step of the DBFMCL algorithm, if returnRank = TRUE their expression values are replaced by their corresponding ranks in the input matrix.
这种说法修改输出。鉴于一套后的DBFMCL算法过滤步骤保守的元素，如果returnRank = TRUE的表达值及其相应职级所取代，在输入矩阵。


Details

详情----------Details----------

See DBFMCL
看到DBFMCL


警告----------Warnings----------

Works only on UNIX-alikes platforms.
仅适用于UNIX的相容系统平台。


作者（S）----------Author(s)----------


Bergon A., Lopez F., Textoris J., Granjeaud S. and Puthier D.



参考文献----------References----------

flexible toolbox to explore productively the transcriptional landscape of the Gene Expression Omnibus database. PLoSONE, 2008;3(12):e4001.

参见----------See Also----------

DBFMCL, createSignatures4TB
DBFMCL，createSignatures4TB

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注：
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