createGraph4BioC(RTools4TB)
createGraph4BioC()所属R语言包：RTools4TB
Creates a graph based on a request to the TrancriptomeBrowser database.
创建请求的TrancriptomeBrowser数据库为基础的图形。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Results from a request to TBrowserDB can be displayed as a graph using the createGraph4BioC function. Given a request (e.g., "XBP1 & ESR1 & GATA3"), createGraph4BioC retrieves the list of signature IDs that verify the constrain. A list of gene falling in at least one of the clusters is next computed. A matrix is created that will record for each gene the number of time they have been observed in the same signature (only genes falling in a significant proportion of signatures are conserved). This adjacency matrix is used to create a graph.
从以TBrowserDB的请求的结果可以显示图作为使用createGraph4BioC功能。鉴于请求（例如，“XBP1的ESR1及GATA3”），createGraph4BioC检索签名的ID列表，验证的约束。未来的基因至少一个聚类的列表计算。创建一个矩阵，将记录每一个基因的时间，他们已观察到在相同的签名（在签名的显着比例下降的唯一的基因是保守）。这个邻接矩阵是用来创建一个图形。
用法----------Usage----------
createGraph4BioC(request = NULL, prop = 50)
参数----------Arguments----------
参数：request
a Boolean query with HUGO IDs (e.g., "CD4 & CD3E & CD3D")
布尔查询与雨果的ID（例如，"CD4 & CD3E & CD3D"）
参数：prop
only genes falling in a significant proportion of signatures are conserved. For instance, prop=50 indicates that only genes falling in at least 50 % of the signatures will be conserved.
在签名的显着比例下降的唯一的基因是保守的。例如，prop=50表示将保护唯一的基因中至少有50％的签名下降。
Details
详情----------Details----------
In order to create an adjacence matrix, this function use the both getSignatures and getExpressionMatrix functions.
为了创造一个adjacence矩阵，此功能使用两个getSignatures和getExpressionMatrix的函数。
The "value" argument to this function may contain Boolean operators (see help section on TBrowser web site for more informations, http://tagc.univ-mrs.fr/tbrowser or the details section of getSignatures).
“价值”的说法，这个函数可能包含布尔运算符（看到更多的信息，http://tagc.univ-mrs.fr/tbrowser或getSignatures细节部分帮助部分对TBrowser网站）。
& : AND | : OR ! : NOT , (used in conjonction with &)
&：|：或!：（使用conjonction）
值----------Value----------
an adjacence matrix.
adjacence矩阵。
作者（S）----------Author(s)----------
Bergon A., Lopez F., Textoris J., Granjeaud S. and Puthier D.
参考文献----------References----------
flexible toolbox to explore productively the transcriptional landscape of the Gene Expression Omnibus database. PLoSONE, 2008;3(12):e4001.
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
# Create a graph based on expression signatures that contain "ESR1 & GATA3 & XBP1".[创建一个基于图形表达的签名包含“ESR1及GATA3和XBP1的”。]
# Only genes observed in 80[观察80只基因]
library(biocGraph)
adjMat <- createGraph4BioC(request="ESR1 & GATA3 & XBP1", prop=80)
g1 <- new("graphAM", adjMat=adjMat)
plot(g1,"fdp")
g2 <- as(g1,"graphNEL")
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 13:32:58
