writeQubicInputFile(rqubic)
writeQubicInputFile()所属R语言包：rqubic
Write an ExpressionSet object into the file format required by the QUBIC command line tool
写由QUBIC命令行工具所需的文件格式ExpressionSet对象
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The QUBIC commmand line tool (developed by Ma et al.) requires a tab-limited data matrix as input file, with some special requirements (see details below). This function takes an object of ExpressionSet and outputs the file.
QUBIC条命令行工具（马等人开发的。）需要一个文件作为输入制表有限的数据矩阵，与一些特殊要求（见下面详细说明）。此功能需要一个ExpressionSet对象和输出文件。
用法----------Usage----------
writeQubicInputFile(x, file = "", featureNames, sampleNames)
参数----------Arguments----------
参数：x
An object inheriting the eSet class, most commonly an ExpressionSet object, representing expression data of features across samples.
对象继承eSet类，最常用的ExpressionSet对象，占整个样本的功能表达数据。
参数：file
Filename to output, or a connection to write to (e.g. stdout()).
输出文件名，或写信给一个连接（例如stdout()）。
参数：featureNames
Specifies the feature names. It can be left blank, in which case the result of calling featureNames on x will be used. Alternatively, it can be one character string, specifying which column in the fData should be used. The third possibility, it can be a vector of characters, with the same length as features in the object. In the last option, all other types will be converted to characters.
指定的功能名称。它可以留空，在这种情况下，调用的结果featureNamesx将使用。另外，它也可以是一个字符串，指定fData列应使用的。第三个可能性，它可以是一个字符的向量，与相同长度为对象的特点。在最后一个选项，所有其他类型将被转换为字符。
参数：sampleNames
Specifies the sample names. It can be left blank, in which case the result of calling sampleNames on x will be used. Alternatively, it can be one character string, specifying which column in the pData should be used. The third possibility, it can be a vector of characters, with the same length as features in the object. In the last option, all other types will be converted to characters.
指定样品名称。它可以留空，在这种情况下，调用的结果sampleNamesx将使用。另外，它也可以是一个字符串，指定pData列应使用的。第三个可能性，它可以是一个字符的向量，与相同长度为对象的特点。在最后一个选项，所有其他类型将被转换为字符。
Details
详情----------Details----------
The description of the data format can be checked by running the QUBIC tool in the command line mode, with the option -h (for help). A special requirement, which makes it different from the results of the write.table function in R, is that before the sample names (column names), an “o” must be added.
检查数据格式的描述可以通过在命令行模式运行QUBIC工具，选项-h（帮助）。一个特殊的要求，这使得它从write.tableR函数的结果不同，是之前的样本名（列名），“O”必须添加。
值----------Value----------
No visible value will be returned, the function is called for its side effect.
不可见的值将被返回，函数被调用它的副作用。
作者（S）----------Author(s)----------
Jitao David Zhang <jitao_david.zhang@roche.com>
参见----------See Also----------
eSetDimName, write.table
eSetDimName，write.table
举例----------Examples----------
tmpfile <- tempfile()
data(sample.ExpressionSet)
sub.eset <- sample.ExpressionSet[1:3, 1:3]
## write to standard output[＃写入到标准输出]
writeQubicInputFile(sub.eset)
## write to a temporary file[＃写入一个临时文件]
writeQubicInputFile(sub.eset, tmpfile)
head(readLines(tmpfile))
## specify names with one column name in fData/pData[＃指定一个列名fdata中/ PDATA名称]
writeQubicInputFile(sub.eset, file="", sampleNames="sex")
## alternatively specifiy names manually[手动＃或者说明指名称]
writeQubicInputFile(sub.eset, file="",sampleNames=paste("Sample", 1:3))
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 13:27:40
