R语言 RpsiXML包 separateXMLDataByExpt()函数中文帮助文档(中英文对照)

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separateXMLDataByExpt(RpsiXML)
separateXMLDataByExpt()所属R语言包：RpsiXML

                                        Convert a vector of PSI-MI 2.5 XML files into graph objects based on pubmedID
                                         矢量的PSI心梗的2.5 XML文件转换成图形对象的基础上pubmedID

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function psimi25XML2Graph take a vector of XML 2.5 files from te same data source and generates a graph object based on the type of the files.
功能psimi25XML2GraphTE相同的数据源的XML 2.5文件的向量和文件类型的基础上生成一个图形对象。“


用法----------Usage----------


separateXMLDataByExpt(xmlFiles, psimi25source, type = "direct", directed = TRUE, abstract = FALSE,...)



参数----------Arguments----------

参数：xmlFiles
Single file name or a vector of PSI-MI 2.5 XML file names or URLs.
单个文件名或PSI心梗2.5 XML文件名或URL的向量。


参数：type
A character. Currently the user can specify to cull either "direct" interactions or "indirect" interactions.
一个字符。目前，用户可以指定扑杀无论是“直接”互动或“间接”的互动。


参数：psimi25source
Source of the PSI-MI 2.5 XML file, see psimi25Source-class
PSI心梗2.5 XML文件的来源，看到psimi25Source-class


参数：directed
Logical, whehter the returned graph object should be directed or undirected.
逻辑，whehter返回图形对象应当向或无向。


参数：abstract
Logical; if TRUE, the abstract information will be appended to the graph object.
逻辑;如果为TRUE，将抽象的信息附加到图形对象。


参数：...
Other parameters passed to parsePsimi25Interaction, for example verbose=TRUE
其他参数传递到parsePsimi25Interaction，例如verbose=TRUE


值----------Value----------

A list of psimi25Graph-class are generated indexed by the pubmedID of each bait-prey interaction. WARNING - the abstract information is obtained using the  pubmed and buildPubMedAbst functions from the  annotate package which warns the user that NCBI may block access to their site. The default is to not obtain the abstract for this reason.
一列psimi25Graph-class生成每个诱饵捕食互动pubmedID索引。警告 - 抽象的信息，利用NCBI的，可能会阻止访问其网站向用户发出警告的注解包医学和buildPubMedAbst功能的。默认是没有获得这个原因，抽象。


作者（S）----------Author(s)----------


Jitao David Zhang, Tony Chiang



参见----------See Also----------

psimi25Source-class, psimi25Graph-class, psimi25Hypergraph-class
psimi25Source-class，psimi25Graph-class，psimi25Hypergraph-class


举例----------Examples----------


xmlDir <- system.file("/extdata/psi25files",package="RpsiXML")

intactxml <- file.path(xmlDir, "intact_2008_test.xml")
intactGraph <- separateXMLDataByExpt(intactxml, INTACT.PSIMI25, type="indirect")

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