R语言 RpsiXML包 psimi25XML2Graph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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psimi25XML2Graph(RpsiXML)
psimi25XML2Graph()所属R语言包：RpsiXML

                                         Convert a vector of PSI-MI 2.5 XML files into graph objects
                                         矢量的PSI心梗的2.5 XML文件转换成图形对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function psimi25XML2Graph take a vector of XML 2.5 files from te same data source and generates a graph object based on the type of the files. psimi25XML2Graph is a wrapper for interactionEntry2graph and complexEntry2graph, which transform interactionEntry list and complexEntry list into graphs respectively.
功能psimi25XML2GraphTE相同的数据源的XML 2.5文件的向量和文件类型的基础上生成一个图形对象。“ psimi25XML2GraphinteractionEntry2graph和complexEntry2graph，转化成图表interactionEntry列表和complexEntry列表，分别是包装。


用法----------Usage----------


psimi25XML2Graph(psimi25files, psimi25source, type = "interaction",
directed = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：psimi25files
Single file name or a vector of PSI-MI 2.5 XML file names or URLs. In case of splitted data the latter form is preferred. Different datasets or datasets from different sources should not be put into the same vector.  
单个文件名或PSI心梗2.5 XML文件名或URL的向量。后者的形式在劈裂资料的情况下是首选。不同的数据集或数据集从不同的来源，不应放入同一向量。


参数：psimi25source
Source of the PSI-MI 2.5 XML file, see psimi25Source-class  
PSI心梗2.5 XML文件的来源，看到psimi25Source-class


参数：type
A character string which is either "interaction" or "complex". As the value suggests, use "interaction" if the XML file contains experimental physical data, and "complex" if the file contains curated protein complex membership data.
一个字符串是“互动”或“复杂”。作为价值的建议，使用“互动”，如果XML文件包含的物理实验数据，“复杂”，如果该文件包含策划蛋白质复合体的成员数据。


参数：directed
Logical, whehter the returned graph object should be directed or undirected  
逻辑，whehter返回图形对象应当向或无向


参数：...
Other parameters passed to parsePsimi25Interaction  
其他参数传递parsePsimi25Interaction


值----------Value----------

If type is "interaction",  then a resulting psimi25Graph object is genertated on the aggregation of the XML files. Otherwise if type is "complex,", a resulting psimi25HyperGraph object is generated on the aggregate of the XML files.
如果类型是“互动”，然后导致psimi25Graph对象的XML文件的聚集genertated。否则，如果类型是“复杂”，产生的psimi25HyperGraph对象生成XML文件的总和。


作者（S）----------Author(s)----------


Jitao David Zhang, Tony Chiang



参见----------See Also----------

psimi25Source-class, psimi25Graph-class, psimi25Hypergraph-class
psimi25Source-class，psimi25Graph-class，psimi25Hypergraph-class


举例----------Examples----------


xmlDir <- system.file("/extdata/psi25files",package="RpsiXML")

intactxml <- file.path(xmlDir, "intact_2008_test.xml")
intactGraph <- psimi25XML2Graph(intactxml, INTACT.PSIMI25, type="interaction")

intactComplexxml <- file.path(xmlDir,"intact_complexSample.xml")
intactComplexGraph <- psimi25XML2Graph(intactComplexxml, INTACT.PSIMI25, type="complex")

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