R语言 RpsiXML包 parsePsimi25Interaction()函数中文帮助文档(中英文对照)

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parsePsimi25Interaction(RpsiXML)
parsePsimi25Interaction()所属R语言包：RpsiXML

                                         Parsing PSI-MI 2.5 XML documents into interactions
                                         PSI  -  MI 2.5 XML文档解析成互动

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The PSI-MI 2.5 XML format is used widely by many repositories to record protein-protein interaction data as well as protein complex data. This functions parse such files into interactions or complexes.
PSI心梗2.5 XML格式被广泛用于许多库记录的蛋白质相互作用数据以及蛋白质复杂的数据。这个函数解析成相互作用或复合物等文件。

parsePsimi25Interaction is the parser for interaction data and parsePsimi25Complex is the parser for complex data.
parsePsimi25Interaction是互动数据的解析器和parsePsimi25Complex是复杂的数据分析器。


用法----------Usage----------


parsePsimi25Interaction(psimi25file, psimi25source, verbose=TRUE)
parsePsimi25Complex(psimi25file, psimi25source, verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：psimi25file
character, file name or URL of the XML document  
XML文档的字符，文件名或URL


参数：psimi25source
A supported data repository source, see also psimi25Source-class  
支持的数据源库，也看到psimi25Source-class


参数：verbose
logical, whether the parsing state should be displayed verbosely.
逻辑，解析状态是否应显示冗长。


值----------Value----------

psimi25Interaction returns a list of psimi25InteractionEntry objects, each represents one entry in the XML document psimi25Complex returns a psimi25ComplexEntry objects, representing the complex data from one XML document.
psimi25Interactionpsimi25InteractionEntry对象返回一个列表，每个代表一个entrypsimi25Complex在XML文档返回一个psimi25ComplexEntry对象，代表一个XML文档的复杂数据。


作者（S）----------Author(s)----------


Jitao David Zhang <jitao_david.zhang@roche.com>, Tony Chiang
<tchiang@ebi.ac.uk>



参考文献----------References----------




       <h3>See Also</h3>   <code>psimi25Interaction-class</code>, <code>psimi25InteractionEntry-class</code>, <code>psimi25Complex-class</code> <code>psimi25ComplexEntry-class</code>,

举例----------Examples----------


# parse interaction data[解析数据交互]
xmlDir <- system.file("/extdata/psi25files",package="RpsiXML")

gridxml <- file.path(xmlDir, "biogrid_200804_test.xml")
gridSet <- parsePsimi25Interaction(gridxml, BIOGRID.PSIMI25)

intactxml <- file.path(xmlDir, "intact_2008_test.xml")
intactSet <- parsePsimi25Interaction(intactxml, INTACT.PSIMI25, verbose=TRUE)

# parse complex data[分析复杂的数据]
intactComplexxml <- file.path(xmlDir,"intact_complexSample.xml")
intactComplexSet <- parsePsimi25Complex(intactComplexxml, INTACT.PSIMI25)


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