R语言 RpsiXML包 availableXrefs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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availableXrefs(RpsiXML)
availableXrefs()所属R语言包：RpsiXML

                                         Get cross reference(s) of interactors from PSI-MI 2.5 files  
                                         获取从PSI心梗2.5文件交叉参考团团员（）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

PSI-MI 2.5 data exchange format encourages data providers to encode cross referenes of the interactors into the file, which prove valuable for annotating the data. These functions help finding out the available cross references of interactors.
PSI  -  MI 2.5数据交换格式的文件，证明宝贵注释数据编码成的团团员的交叉referenes鼓励数据提供商。这些功能帮助找出团团员提供交叉引用。


用法----------Usage----------


availableXrefs(x,...)
xref(object)



参数----------Arguments----------

参数：x
for availableXrefs, 'x' can either be an object of psimi25Interactor-class,  link{psimi25InteractionEntry} or a list of psimi25Interactor-class objects.  for xref, 'object' should be an object of psimi25Interactor-class  
为availableXrefs，X可以是一个对象psimi25Interactor-class，link{psimi25InteractionEntry}或psimi25Interactor-class对象的名单。 xref，对象应该是一个的psimi25Interactor-class对象


参数：object
New interface of RpsiXML uses "object" uniformly.   
新界面RpsiXML使用“对象”的统一。


参数：...
intersect, logical option. If set to TRUE then only the cross references available for every interactor are returned (intersected), otherwise all the cross references are unioned and returned. See the examples
相交，合理的选择。如果设置为TRUE然后只为每interactor的交叉引用返回（相交），否则所有的交叉引用并集并返回。请参阅范例


Details

详情----------Details----------

If psimi25InteractionEntry is provided as the parameter of availableXrefs, an option named "intersect" can be set to extract only those cross references intersected among all the interactors, namely the ones assigned in every interactor. Please see the examples.
如果psimi25InteractionEntry是参数availableXrefs提供一个选项命名的“交集”，可以设置只提取其中的所有团团员，即每interactor分配的相交的交叉引用。请看到的例子。


值----------Value----------


参数：xref
Returns a matrix with two columns: db (external database name) and id (external database index)  
返回两列矩阵：db（外部数据库名）和id（外部数据库索引）


参数：availableXrefs
A vector of characters, the names of external databases referenced in the file
向量的字符，在文件中引用外部数据库的名字


作者（S）----------Author(s)----------


Jitao David Zhang



举例----------Examples----------


xmlDir <- system.file("/extdata/psi25files",package="RpsiXML")

hprdxml <- file.path(xmlDir, "hprd_200709_test.xml")
hprdSet <- parsePsimi25Interaction(hprdxml, HPRD.PSIMI25)
hprdInteractors <- interactors(hprdSet)

availableXrefs(hprdSet)
xref(hprdInteractors[[1]])
availableXrefs(hprdInteractors[[1]])

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