RPA.preprocess(RPA)
RPA.preprocess()所属R语言包:RPA
Preprocess AffyBatch object for RPA.
为爱国军的预处理AffyBatch对象。
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Background correction, quantile normalization and log2-transformation for probe-level raw data in abatch. Then probe-level differential expression is computed between the specified
背景校正,探针abatch级原始数据的log2位数标准化和改造。然后计算之间的指定探针水平的差异表达
用法----------Usage----------
normalization.method = "quantiles.robust",
cdf = NULL,
参数----------Arguments----------
参数:abatch
An AffyBatch object.
一个AffyBatch对象。
参数:bg.method
Specify background correction method. See bgcorrect.methods(abatch) for options.
指定背景校正方法。见选项bgcorrect.methods(abatch)。
参数:normalization.method
Specify normalization method. See normalize.methods(abatch) for options. For memory-efficient online version, use "quantiles.online".
指定标准化的方法。见选项normalize.methods(abatch)。对于内存高效的在线版本,使用“quantiles.online”。
参数:cdf
The CDF environment used in the analysis.
民防部队的环境中使用的分析。
参数:cel.files
List of CEL files to preprocess.
名单CEL文件进行预处理。
参数:cel.path
Path to CEL file directory.
CEL的文件目录的路径。
Details
详情----------Details----------
Probe-specific variance estimates are robust against the choice
强大的反对选择探测特定的方差估计
值----------Value----------
参数:fcmat
Probes x arrays preprocessed differential expression matrix.
探针x阵列的差异表达矩阵预处理。
参数:cind
Specifies which array in abatch was selected as a reference in calculating probe-level differential expression.
指定阵列abatch作为参考计算探针水平的差异表达的选择。
参数:cdf
The CDF environment used in the analysis.
民防部队的环境中使用的分析。
参数:set.inds
Indices for probes in each probeset, corresponding to the rows of fcmat.
指数为探针,每个probeset对应的fcmat行。
作者(S)----------Author(s)----------
Leo Lahti <leo.lahti@iki.fi>
参考文献----------References----------
<h3>See Also</h3>
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注:
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