R语言 Rolexa包 CombinedPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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CombinedPlot(Rolexa)
CombinedPlot()所属R语言包：Rolexa

                                        Diagnostic plots
                                         诊断图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generate plots to visualy assess the quality of select colonies
生成图visualy的评估选择殖民地的质量


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'RolexaRun'
CombinedPlot(run=Rolexa.env, int, seq, scores, colonies = 1:4, par = list())
CombinedPlot(run,...)
## S4 method for signature 'SolexaIntensity'
ChannelHistogram(int, cycles = c(1,18,36),
threemodes = FALSE, par = list())
ChannelHistogram(int,...)



参数----------Arguments----------

参数：run
a RolexaRun object defining the run parameters
RolexaRun对象定义的运行参数


参数：int
a SolexaIntensity object
SolexaIntensity对象


参数：seq
a ShortRead object
ShortRead对象


参数：scores
a matrix of base quality scores (one column per base, one row per sequence)
一个基本的质量得分矩阵（每个碱基的一列，每一个序列一行）


参数：cycles
the list of cycles to plot
绘制周期列表


参数：colonies
the list of rows to select for plotting
行的列表，选择绘图


参数：threemodes
fit and plot a mixture of 3 gaussians (2 by default)
适合绘制3高斯混合（默认为2）


参数：par
parameters for the plotting function
绘图功能的参数


参数：...
additional arguments, ignored
额外的参数，忽略


Details

详情----------Details----------

CombinedPlot creates one plot for each selected colony with the sequence along the x axis, the four intensities plotted as barplots above each base and the quality scores as a line plot below the sequence.
CombinedPlot每个序列沿选定的殖民地x轴创建一个图，四个强度绘制成上述各碱基barplots和质量分数作为线图下面的序列。

ChannelHistogram plots histograms and signal-noise thresholds for each of the four intensity channels on selected
ChannelHistogram图直方图和信号噪声阈值，为每个选定的四个强度渠道


作者（S）----------Author(s)----------


Jacques Rougemont, Arnaud Amzallag, Christian Iseli, Laurent Farinelli, Ioannis Xenarios, Felix Naef



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


path = SolexaPath(system.file("extdata", package="ShortRead"))
rolenv = SetModel(idsep="_")
int = readIntensities(path,pattern="s_1_0001",withVariability=FALSE)
seq = CombineFastQ(run=rolenv,path=path)
CombinedPlot(run=rolenv,int=int,seq=seq,scores=as(quality(seq),"matrix"),colonies=1)

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注：
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