R语言 RNAither包 volcanoPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

volcanoPlot(RNAither)
volcanoPlot()所属R语言包：RNAither

                                         Making a volcano plot
                                         作出火山图的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Makes a volcano plot of the data.
使得数据的火山积。


用法----------Usage----------


volcanoPlot(header, dataset, col4plotx, col4ploty, col4anno, plotTitle, sigLevel, showPlot)



参数----------Arguments----------

参数：header
the header of a dataset file generated with generateDatasetFile  
数据集文件头生成的以generateDatasetFile


参数：dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile  
R的数据框生成的以generateDatasetFile


参数：col4plotx
a character vector specifying the name of the column containing the intensity values, usually  SigIntensity  
一个字符向量指定的列名，包含强度值，通常是 SigIntensity


参数：col4ploty
a character vector specifying the name of the dataset column containing the corresponding p-values  
一个字符向量，指定相应的p值的数据集，其中包含列名


参数：col4anno
a character string specifying the name of the dataset column to be used to define the replicate, e.g.  "GeneName" or  "Internal_GeneID".  
一个字符串指定的被用来定义复制数据集列的名称，如 "GeneName"或 "Internal_GeneID"。


参数：plotTitle
the plot title  
图标题


参数：sigLevel
the significance level for the p-value, indicating where a horizontal green line will be drawn  
p值的显着性水平，表明水平的绿线将绘制


参数：showPlot
0 or 1. 1 will open one or several plot windows in the R GUI, 0 will only save the plot(s) without opening windows  
0或1。 0 1会打开一个或几个在R GUI窗口图，将只保存不打开窗户图（）


值----------Value----------

Plots the intensity values against the negative decadic logarithm of the p-values. A green horizontal line is drawn at the specified significance level.
图对负decadic对数p值的强度值。绿色水平线绘制在指定的显着性水平。

The plot is saved in a pdf and a png file named after the experiment name specified in the header concatenated with the  plotTitle.
图被保存在PDF和PNG文件后的头在 plotTitle串联指定的实验名称命名。

The function returns the plot name.
该函数返回小区名称。


参见----------See Also----------

Ttest
Ttest


举例----------Examples----------


data(exampleHeader, package="RNAither")
data(pValVec1, package="RNAither")
data(scoredDataset1, package="RNAither")

##for details on the generation of pValVec1 and scoredDataset1, see the example of the Ttest function linked above.[＃上一代的pValVec1和scoredDataset1的详细信息，请参阅以上链接的TTEST函数的例子。]

scoredHits1 <- hitselectionPval(scoredDataset1, pValVec1, "SigIntensity", "pValue.ttest_l", 0.05,
"GeneName", "pvalue_testfile1.txt")

hitDataset1 <- scoredHits1[[1]]
hitvector1 <- scoredHits1[[2]]

volcano_name <- volcanoPlot(header, hitDataset1, "SigIntensity", "pValue.ttest_l", "GeneName",
"Volcano Plot", 0.05, 1)

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