R语言 RNAither包 spatialDistrib()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

spatialDistrib(RNAither)
spatialDistrib()所属R语言包：RNAither

                                         Generate spatial plots of intensity values
                                         强度值产生的空间图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generate plots of plates and their intensity values.
产生图板，其强度值。


用法----------Usage----------


spatialDistrib(header, dataset, plotTitle, col4plot, col4anno, showPlot)



参数----------Arguments----------

参数：header
the header of a dataset file generated with generateDatasetFile  
数据集文件头生成的以generateDatasetFile


参数：dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile  
R的数据框生成的以generateDatasetFile


参数：plotTitle
the plot title  
图标题


参数：col4plot
a character string specifying the column whose values will be used for the plot  
一个字符串，指定列的值将被用于为图


参数：col4anno
a character string specifying the column whose values will be used for the annotation of the plot  
一个字符串，指定列的值将被用于注释的图


参数：showPlot
0 or 1. 1 will open one or several plot windows in the R GUI, 0 will only save the plot(s) without opening windows.  
0或1。 1将在一个或几个小区的R GUI窗口打开，0只保存不打开窗户图（S）。


值----------Value----------

For each plate, the plot will be saved as a png file named after the experiment name specified in the header concatenated with the  plotTitle, the number of the experiment, and the number of the plate.
对于每一个板块，该图将作为实验后与的 plotTitle串连头中指定的名称命名的png文件保存，实验号码，车牌号码。

Wells containing positive controls are marked with a "P", wells containing negative controls with an "N".
都标有“P”字，包含一个“N”与阴性对照井井含有阳性对照。

Each plate will also be saved as an html file containing mouse-overs with the siRNA name for each well.
每块板也将被保存为一个HTML文件，为每口井的siRNA名称含有鼠标接管。

The function returns a list containing:
该函数返回一个列表，其中包含：


参数：histoName
the plotname
在plotname


参数：c(minOfScreens, numOfScreens)
a vector with the number of the first experiment and of the last experiment
与第一实验的数量和向量的最后一个实验


参数：c(minOfPlates, numOfPlates)
a vector with the number of the first plate and the number of the last plate
与第一板的数量和向量的最后一个板块的数量


参见----------See Also----------

compareReplicateSD, compareReplicateSDPerScreen
compareReplicateSD，compareReplicateSDPerScreen


举例----------Examples----------


data(exampleHeader, package="RNAither")
data(exampleDataset, package="RNAither")

spatialDistrib(header, dataset, "Spatial distribution of cell counts", "NbCells", "GeneName", 1)

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