lowessNorm(RNAither)
lowessNorm()所属R语言包:RNAither
Lowess normalization
LOWESS标准化
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Performs a plate-wise lowess normalization of the data.
执行一个数据板明智LOWESS标准化。
用法----------Usage----------
lowessNorm(header, dataset, listOfArgs)
参数----------Arguments----------
参数:header
the header of a dataset file generated with generateDatasetFile
数据集文件头生成的以generateDatasetFile
参数:dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile
R的数据框生成的以generateDatasetFile
参数:listOfArgs
a list containing: - a character string specifying the column used as channel 1 (colname4ch1) - a character string specifying the column used as channel 2 (colname4ch2) - optionally: the smoother span (smSpan) of the lowess function. This gives the proportion of points which influence the smooth at each value. Larger values give more smoothness. Defaults to 2/3.
一个列表,其中包含: - 一个字符串,指定作为通道(colname4ch1)列 - 一个字符串,指定作为通道(colname4ch2)使用的列 - 可选:平滑的跨的LOWESS功能(smSpan)。这给了点,在每个值的影响顺利的比例。值越大,给更多的平滑。默认为2/3。
值----------Value----------
Corrects intensity values in case the values of ch2 decrease with the increase of ch1 values.
纠正强度值的情况下,CH2值降低与CH1值的增加。
Returns a list containing:
返回一个列表,其中包含:
参数:header
the new header (with an added entry about the normalization procedure in the comments)
新的头(与有关标准化过程中添加条目的意见)
参数:dataset
the new dataset with normalized values. The old values are saved in an extra column with the suffix ".old"
新的数据集与标准化值。旧值保存在一个额外的后缀列的“老”
举例----------Examples----------
data(exampleHeader, package="RNAither")
data(exampleDataset, package="RNAither")
normres <- lowessNorm(header, dataset, list("NbCells","SigIntensity"))
newheader <- normres[[1]]
newdataset <- normres[[2]]
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