R语言 RNAither包 hitselectionZscore()函数中文帮助文档(中英文对照)

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hitselectionZscore(RNAither)
hitselectionZscore()所属R语言包：RNAither

                                         Selecting hits according to ZScores
                                         选择根据ZScores的命中

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Selects significant genes according to their ZScore.
选择显著基因根据其ZScore。


用法----------Usage----------


hitselectionZscore(dataset, col4zscore, col4sel, thresh, flag, flag2, col4anno,
sumFunc, file4hits)



参数----------Arguments----------

参数：dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile  
R的数据框生成的以generateDatasetFile


参数：col4zscore
a character vector specifying the name of the column containing the ZScores, usually SigIntensity  
字符指定名称的包含的ZScores列的向量，通常是SigIntensity


参数：col4sel
a character vector specifying the name of the new dataset column where hits will be stored  
指定一个字符向量命中将存储新的数据集列的名称


参数：thresh
the threshold for the ZScores. The interpretation depends on the choice of the parameter  flag2.  
阈值为ZScores。的解释取决于参数 flag2的选择。


参数：flag
1 or 2. 1 means the ZScores are kept per well, 2 that they are summarized according to the parameter  sumFunc.  
1或2。 1表示，他们是根据参数 sumFunc总结的ZScores都保持每口井，2。


参数：flag2
1, 2 or -2.   If 1 is chosen and  thresh == n, then the n greatest Zscores are chosen as hits.   If 1 is chosen and  thresh == -n, then the n smallest Zscores are chosen.   If 1 is chosen and  thresh == 0, all ZScores are chosen and written to the output file.   If 2 is chosen, all Zscores greater than or equal to  thresh are chosen.   If -2 is chosen, all Zscores smaller than or equal to  thresh are chosen.   
1，2或-2。如果选择 thresh== N，则n的最大Zscores选择为命中。如果选择 thresh==-N，则n的最小Zscores选择。如果选择1和 thresh== 0，所有ZScores是选择，并写入到输出文件。如果选择2，所有Zscores大于或等于 thresh选择。如果选择-2，所有Zscores小于或等于 thresh选择。


参数：col4anno
a character string specifying the name of the dataset column to be used to define the replicate, for example  "GeneName" or  "Internal_GeneID"  
字符串指定被用来定义复制数据集的列的名称，例如， "GeneName"或 "Internal_GeneID"


参数：sumFunc
the function used to summarize ZScore values, e.g.  mean or  median.  
用于总结ZScore值，如功能 mean或 median。


参数：file4hits
the name of the file to store the results in  
存储结果的文件名


Details

详情----------Details----------

If  flag2 == -2, and there are no ZScores under the defined threshold  thresh, the threshold is increased to  min(ZScores).
如果 flag2== -2，有下定义的阈值 thresh，阈值提高到 min(ZScores)没有ZScores。

If  flag2 == 2, and there are no ZScores over the defined threshold  thresh, the threshold is increased to  max(ZScores).
，如果 flag2== 2，有超过定义的阈值 thresh没有ZScores，阈值提高到 max(ZScores)。


值----------Value----------

A list containing:
一份列表，列出：


参数：dataset
the dataset with an added column defining the hits in the form of a binary vector
在一个二进制向量形式定义的点击添加的列的数据集


参数：hitVector
the binary vector itself
二进制向量本身


参数：thresh
the threshold for the ZScores   
为的ZScores阈值

ZScores are stored in a text output file.
ZScores存储在文本输出文件。


参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


data(scoredDataset1, package="RNAither")
data(pValVec1, package="RNAither")

##for details on the generation of pValVec1 and scoredDataset1, see the example of the Ttest function linked above.[＃上一代的pValVec1和scoredDataset1的详细信息，请参阅以上链接的TTEST函数的例子。]

scoredHits1 <- hitselectionZscore(scoredDataset1, "SigIntensity", "Zscore_hits", -10,
2, 1, "GeneName", median, "Zscores_testfile1.txt")

newdataset <- scoredHits1[[1]]
hitvector <- scoredHits1[[2]]

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