divNorm(RNAither)
divNorm()所属R语言包:RNAither
Mean, median, ... , normalization
平均数,中位数... ,规范化;
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Normalization with the mean, median, or any other function.
与平均数,中位数,或任何其他功能的标准化。
用法----------Usage----------
divNorm(header, dataset, listOfArgs)
参数----------Arguments----------
参数:header
the header of a dataset file generated with generateDatasetFile
数据集文件头生成的以generateDatasetFile
参数:dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile
R的数据框生成的以generateDatasetFile
参数:listOfArgs
a list containing: - a character string specifying the column whose values will be used for normalization - a function to be used for the normalization, e.g. mean, median, ... - 1 or 2, 1 meaning a normalization per experiment, 2 meaning a normalization per plate - 1 or 2, 1 meaning the normalization is achieved by a division of the intensity values by the outcome of funname, 2, meaning by a substraction - a flag specifying whether controls should be excluded for the computation of the result of the function specified in the first element (1) or not (0).
一个列表,其中包含: - 一个字符串,指定列的值将被用于标准化 - 标准化的功能,例如: mean, median,... - 1或2,这意味着每个实验,2标准化,这意味着每盘的标准化 - 1或2,1意味着标准化 funname2的结果是由分工的强度值达到,意思1减法 - 指定是否控制结果中的第一个元素(1)或(0)指定的函数的计算应排除的一个标志。
值----------Value----------
Returns a list containing:
返回一个列表,其中包含:
参数:header
the new header (with an added entry about the normalization procedure in the comments)
新的头(与有关标准化过程中添加条目的意见)
参数:dataset
the new dataset with normalized values. The old values are saved in an extra column with the suffix ".old"
新的数据集与标准化值。旧值保存在一个额外的后缀列的“老”
举例----------Examples----------
data(exampleHeader, package="RNAither")
data(exampleDataset, package="RNAither")
normres <- divNorm(header, dataset, list(median, 2, 1, "SigIntensity", 1))
newheader <- normres[[1]]
newdataset <- normres[[2]]
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注:
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