R语言 RNAither包 controlNorm()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

controlNorm(RNAither)
controlNorm()所属R语言包：RNAither

                                         Normalization on controls
                                         标准化控制

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Performs a normalization on either positive or negative controls.
执行标准化的积极或消极的控制。


用法----------Usage----------


controlNorm(header, dataset, listOfArgs)



参数----------Arguments----------

参数：header
the header of a dataset file generated with generateDatasetFile  
数据集文件头生成的以generateDatasetFile


参数：dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile  
R的数据框生成的以generateDatasetFile


参数：listOfArgs
a list containing:   - a character string specifying the column whose values will be used for normalization  - 1 or 2, 1 meaning a normalization per experiment, 2 meaning a normalization per plate  - 0 or 1, 0 meaning a normalization on the median of negative controls, 1 meaning a normalization on the median of positive controls. Can also be the  GeneName of a specific control siRNA  - 1 or 2, 1 meaning the signal values are divided by the median, 2 meaning the median is subtracted from the signal values  
一个列表，其中包含： - 一个字符串，指定列的值将被用于标准化 -  1或2，1的含义每个实验的标准化，每板标准化 -  0或1，0 2条所指的意思是负的中位数的标准化控制，1含义阳性对照组的中位数标准化。也可以是一个特定的对照siRNA  GeneName -  1 1或2，这意味着信号值被分为中位数，2条所指的中位数的信号值减去


值----------Value----------

Returns a list containing:
返回一个列表，其中包含：


参数：header
the new header (with an added entry about the normalization procedure in the comments).  
新的头（有关标准化过程中添加条目的意见）。


参数：dataset
the new dataset with normalized values. The old values are saved in an extra column with the suffix ".old".  
新的数据集与标准化值。旧值保存在一个额外的后缀列。“老字号”。


举例----------Examples----------


data(exampleHeader, package="RNAither")
data(exampleDataset, package="RNAither")

normres <- controlNorm(header, dataset, list(2, 0, "SigIntensity", 1))

newheader <- normres[[1]]
newdataset <- normres[[2]]

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