R语言 RNAinteract包 getData()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getData(RNAinteract)
getData()所属R语言包：RNAinteract

                                         Primary access function for all screen data.
                                         所有画面数据的主要接入功能。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is the primary access function for a wide range of data from the screen. It does perform normalization, transformation, and reshaping if specified.
这个函数是一个从屏幕上的数据的范围广泛的主要接入功能。它执行的标准化，改造和重塑如果指定。


用法----------Usage----------


getData(sgi, type = "data", format = "plain",
        design = "template", mixTemplateQuery = TRUE,
        screen = NULL, channel = NULL,
        do.trafo = TRUE, do.inv.trafo = FALSE,
        normalized = FALSE, withoutgroups = c(),
        drop = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：sgi
An object of class RNAinteract
一个对象的类RNAinteract


参数：type
Specifies which data is returned. Possible values are:   
指定返回的数据。可能的值是：

"p.value", "q.value": returns the p-value or q-value as computed by computePValues.  
“p.value”，“q.value”：返回p-值或Q值计算computePValues。

"data": returns the input data.  
“数据”：返回输入数据。

"pi": returns the pairwise interaction score.                  
“圆周率”：返回成对相互作用得分。

"plateeffect": returns the plate effect estimated by normalizePlateEffect.  
“plateeffect”：返回估计normalizePlateEffect板块效应。

"ni.model" returns the non-interacting model as estimated by estimateMainEffect.  
“ni.model”返回的非相互作用的模型估计estimateMainEffect。

"main": returns the main effects.  
“主”：返回主效应。

"mainsderr": returns the std error of the main effects.  
“mainsderr”：返回性病的主要影响的错误。

"mainsd": returns the std deviation of the main effects.  
“mainsd”：返回STD偏差的主要影响。

"maintime": returns the estimated time effect as estimated by normalizeMainEffectQuery  
“maintime”：返回估计的时间效应normalizeMainEffectQuery估计

"mainspatial": returns the estimated spatial effect as estimated by normalizePlateEffect  
“mainspatial”：返回估计的空间效果normalizePlateEffect估计


参数：format
The output format. Possible values:   
输出的格式。可能的值：

"plain": The data can be returned as a plain vector  
“平原”：这些数据可以作为一个普通的向量返回

"platelist": a list of plate matrices that can be passed to plotScreen  
“platelist”：一盘矩阵列表可以传递给plotScreen

"reagentMatrix": All values for the same reagent pair are summarized in a matrix of dimension reagents x reagents  
“reagentMatrix”：同一试剂对所有的值都总结在维试剂的矩阵X试剂

"targetMatrix": All values for the same gene pair are summarized in a matrix of dimension genes x genes  </ul>
“targetMatrix”：相同的基因对所有值都总结在维基因矩阵X基因</ UL>


参数：design
If type is one of the main effect types, the design can be specified to state if the "template" or "query" main effect is returned.  
如果类型是主要作用类型之一，可指定设计，如果“模板”或“查询”的主要作用是返回状态。


参数：mixTemplateQuery
If TRUE, The template-query and query-template entries in the matrix are symmetrized.
如果是TRUE，对称矩阵模板查询和查询模板项。


参数：screen
The screen names of which data should be returned.
其中的数据应退还的屏幕名称。


参数：channel
The channel names of which data should be returned.
应返还其中的数据通道的名称。


参数：do.trafo
Only effective, if type is "data". If TRUE, the data is transformed.
唯一有效的，如果类型是“数据”。如果是TRUE，数据转换。


参数：do.inv.trafo
Not effective if type is "data", "p.value", or "q.value". If TRUE, the values are back-transformed to the original scale.
不是有效的类型，如果是“数据”，“p.value”，或“q.value”。如果是TRUE，返回的值是改变原来的规模。


参数：normalized
If TRUE, the normalization data is returned.
如果是TRUE，返回标准化数据。


参数：withoutgroups
The genes from the specified groups are not returned in the data.
从特定群体的基因是不会返回数据。


参数：drop
If FALSE, the returned array is reduced in dimensions, whenever there is a dimension 1.
如果为FALSE，返回的数组在尺寸减小，每当有一个维度1。


值----------Value----------

An array containing the specified values is returned. In the case, the format is chosen to be "platelist", a list of matrices is returned.
返回一个数组，包含指定的值。在的情况下，格式选择是“platelist”的矩阵列表返回。


作者（S）----------Author(s)----------



Bernd Fischer




参见----------See Also----------

RNAinteract-package
RNAinteract-package


举例----------Examples----------


data("sgi")

# get the original data, as plain file, reshaped in plate layout,[获得原始数据，作为纯文本文件，重塑板布局，]
# reshaped and summarized as target matrix[重塑和总结为目标矩阵]
D <- getData(sgi, type="data", do.inv.trafo = TRUE)
Dplatelayout <- getData(sgi, type="data",
             format="platelist", do.inv.trafo = TRUE)
splots::plotScreen(Dplatelayout[["1"]][["nrCells"]],
             nx=sgi@pdim[2], ny=sgi@pdim[1], ncol=3)
Dmatrix <- getData(sgi, type="data",
             format="targetMatrix", do.inv.trafo = TRUE)

# get main effects as plate layout with specified transformation[指定的转换与板布局的主要影响]
# (usually log-transformed)[（通常记录转化）]
Mplatelayout <- getData(sgi, type="main", design="template",
             screen="1", channel="nrCells", format="platelist")
splots::plotScreen(Mplatelayout, nx=sgi@pdim[2], ny=sgi@pdim[1],
             ncol=3)

# get non-interacting model and pairwise interaction scores as matrix[非相互作用的模型和矩阵成对的相互作用分数]
NImatrix <- getData(sgi, type="ni.model", format="targetMatrix")
PImatrix <- getData(sgi, type="pi", format="targetMatrix")
PIplatelayout <- getData(sgi, type="main", design="query",
             screen="1", channel="nrCells", format="platelist")
splots::plotScreen(PIplatelayout, nx=sgi@pdim[2], ny=sgi@pdim[1],
             ncol=3)

# get p-values and q-values[得到p值和Q值]
PVmatrix <- getData(sgi, type="p.value", format="targetMatrix")
QVmatrix <- getData(sgi, type="q.value", format="targetMatrix")

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