R语言 RmiR包 RmiRtc()函数中文帮助文档(中英文对照)

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RmiRtc(RmiR)
RmiRtc()所属R语言包：RmiR

                                        Time Course relationship between microRNA and Genes
                                         microRNA与基因之间的时间课程的关系

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a timeline of experiments resulting from RmiR or read.mir, it calculates the correlation between the trend of miRNA and corresponding gene targets.
它鉴于RmiR或read.mir导致实验的时间表，计算miRNA与相应的靶基因的趋势之间的关系。


用法----------Usage----------


        RmiRtc(timeline = NULL, timevalue = NULL, method = "pearson")
        readRmiRtc(miRtcObj, correlation = -0.75, exprLev = 1, annotation= NULL, fileName = "miRNA_for_genes")



参数----------Arguments----------

参数：timeline
A vector with the names of the experiments resulting from RmiR or read.mir, in chronological order.
与实验RmiR或read.mir按时间顺序排列，从名称的向量。


参数：timevalue
A vector of numbers with the unity of time correspondig to timeline.
数字与时间的统一correspondigtimeline向量。


参数：method
Method to use to calculate the correlation between miRNA and gene expression, default is "pearson". For other see cor from stats package.
使用的方法来计算miRNA和基因表达之间的关系，默认是“培”。对于其他corstats包。“


参数：miRtcObj
An object resulting from RmiRtc.
从RmiRtc对象。


参数：annotation
The annotation package to retrive the corresponding symbol given the gene_id . eg: Agilent 44k annotation="hgug4112a.db" or  annotation="org.Hs.eg.db".
注解包，以检索相应的符号gene_id。例如：安捷伦44K注释=“hgug4112a.db”或批注=“org.Hs.eg.db”。


参数：correlation
The correlation level desired to filter the miRtcList object created with the RmiRtc function.
相关水平所需过滤miRtcListRmiRtc函数创建的对象的。


参数：exprLev
The absolute value of gene expression as cut-off to filter the miRtcList object created with the RmiRtc function.
基因表达的绝对值作为切断过滤miRtcListRmiRtc函数创建的对象的。


参数：fileName
The file name to print the file with the gene targets with the number of miRNAs matching the correlation criteria. If nothing is specified, no file will be created.
文件名打印与匹配correlation标准的miRNA的靶基因的文件。如果没有指定，没有文件将被创建。


Details

详情----------Details----------

RmiRtc creates an miRtcList wich includes all the information of the time course experiment: couples of miRNA and gene target, expression of gene and miRNA in the time, the correlation between the miRNA and the gene expression trends.
RmiRtc创建miRtcList wich包括时间课程实验的所有信息：夫妇的miRNA基因目标，时间和miRNA基因的表达，miRNA和基因表达的趋势之间的关系。

readRmiRtc subsets the miRtcList created with RmiRtc. We can select a correlation level, if positive we select the correlated genes and miRNas, if negative the anti-correlated couples. Also we can decrease the data by setting a log ratio cut off for the gene expression, to select only the case which the a gene is op or down regulated.
readRmiRtc亚群的miRtcListRmiRtc创建。我们可以选择相关的水平，如果阳性的话，我们选择的相关基因和miRNA的，如果是负数的反相关的夫妇。此外，我们可以通过设置log比切断基因表达下降的数据，只选择其中一个基因是OP或下调的情况下。


值----------Value----------


参数：couples
The couples of mature_miRNA and targets in entrez gene annotation.
mature_miRNAEntrez基因注释和目标的夫妇。


参数：mirExpr
A matrix with the expression of miRNA in order by timeline.
与矩阵timeline为了表达的miRNA。


参数：geneExpr
A matrix with the expression of miRNA in order by timeline.
与矩阵timeline为了表达的miRNA。


参数：mirCV
A matrix with the coefficents of variation of the miRNAs from RmiR or read.mir.
的更改RmiR或read.mir的miRNA的系数矩阵。


参数：geneCV
A matrix with the coefficents of variation of the genes resulting from RmiR or read.mir.
一个从RmiR或read.mir导致基因变异的系数矩阵。


参数：correlation
A vector with the correlation value between miRNAs and gene targets.
miRNA与靶基因之间的相关值的向量。


参数：reps
With readRmiRtc we list all the gene targets ordered by the number of miRNAs matching the correlation criteria.
readRmiRtc我们列出符合相关标准的miRNA数量下令所有的靶基因。


参见----------See Also----------

RmiR, read.mir, plotRmiRtc
RmiR，read.mir，plotRmiRtc


举例----------Examples----------


        ##An example without the data[＃没有数据的一个例子]
        data(RmiR)
        res1 <- read.mir(genes=gene1, mirna=mir1, annotation="hgug4112a.db")
        res2 <- read.mir(genes=gene2, mirna=mir2, annotation="hgug4112a.db")
        res3 <- read.mir(genes=gene3, mirna=mir3, annotation="hgug4112a.db")
       
        res_tc <- RmiRtc(timeline=c("res1", "res2", "res3"),
                         timevalue=c(12,48,72))
        res <- readRmiRtc(res_tc, correlation=-0.9, exprLev=1,
                          annotation="hgug4112a.db")
        res$reps

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