R语言 RmiR包 plotRmiRtc()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotRmiRtc(RmiR)
plotRmiRtc()所属R语言包：RmiR

                                        Plot object from read.mir or a selected gene and respective miRNAs from a miRtcList object
                                         图对象从read.mir或选定的基因和从miRtcList对象各自的miRNA

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Ploting function for object coming from read.mir or a selected gene and respective miRNAs from a miRtcList object
从read.mir对象或选定的基因和各自的miRNA从miRtcList对象的作图功能


用法----------Usage----------


  plotRmiRtc(miRtcObj,gene_id=NULL,timeunit="Time",legend.x=NULL,legend.y=NULL,svgTips=FALSE,svgname=NULL,height=10,width=15)



参数----------Arguments----------

参数：miRtcObj
A data.frame resulting from read.mir or RmiR functions or a miRtcList-class object.
数据框read.mir或RmiR功能或miRtcList-class对象。


参数：gene_id
Selected gene_id contained in a miRtcList-class object.
选择gene_id中miRtcList-class对象。


参数：timeunit
Name for the abscissae axes, normally a time unit like "Hours", "PD" etc.
abscissae轴，通常这样的“小时”的时间单位，“帕金森病”等名称


参数：legend.x
Position of the legend in the x-axes.
在x轴的传说中的地位。


参数：legend.y
Position of the legend in the y-axes.
在Y轴的传说中的地位。


参数：svgTips
TRUE if you want to use the RSVGTipsDevice, default is FALSE.
TRUE，如果你想使用RSVGTipsDevice，默认为false。


参数：svgname
Name for the SVG image output.
SVG图像输出的名称。


参数：height
Height of the graphs.
图表的高度。


参数：width
Width of the graphs.
图表的宽度。


Details

详情----------Details----------

The function plots the trends of a gene target with the specified gene_id and respective miRNA contained in a miRtcList-class object.
包含在gene_id对象的功能图与指定miRtcList-class和各自的miRNA的基因目标的趋势。

If the miRtcObj argument is a dataframe coming from read.mir function, the resulting plot will be a point graph in SVG format.  Each couple miRNA/Target is a point, the x value is the gene target expression value and the y value is the microRNA expression value. To decrease the size of the graph is possible to select just the desired miRNAs or gene targets in the data.frame
如果miRtcObj参数是dataframeread.mir函数，由此产生的图将是一个SVG格式的点图。每对夫妇的miRNA /目标是一个点，x的值是该基因的目标表达式的值和y的值是microRNA的表达值。为了减少图形的大小，可以选择所需的miRNA靶基因或在数据框


参见----------See Also----------

readRmiRtc,miRtcList
readRmiRtc，miRtcList


举例----------Examples----------


       
        data(RmiR)
        res1 <- read.mir(genes=gene1, mirna=mir1, annotation="hgug4112a.db")
        res2 <- read.mir(genes=gene2, mirna=mir2, annotation="hgug4112a.db")
        res3 <- read.mir(genes=gene3, mirna=mir3, annotation="hgug4112a.db")

        res_tc <- RmiRtc(timeline=c("res1", "res2", "res3"),
                         timevalue=c(12, 48, 72))
        res <- readRmiRtc(res_tc, correlation=-0.9, exprLev=1,
                          annotation="hgug4112a.db")

        ## List of genes with anti-correlated miRNAs:[＃列出与反相关的miRNA基因：]
        
        res$reps

        ## Plot of the first gene of the list:[＃图列表的第一个基因：]
        plotRmiRtc (res, gene_id=351, timeunit="Hours")

        ## Setting the position of the legend:[＃设置图例的位置：]
       
        plotRmiRtc (res,gene_id=351, legend.x=50, legend.y=0, timeunit="Hours")

        ## Plot with RSVGTipsDevice:[＃与RSVGTipsDevice图：]
       
        plotRmiRtc (res,gene_id=351, legend.x=50, legend.y=0, timeunit="Hours",
                    svgTips=TRUE)

        ## Plot of a read.mir results:[＃图一个read.mir结果：]
       
        plotRmiRtc (res1, svgname="gene1.svg", svgTips=TRUE)
   

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注：
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