R语言 rMAT包 ReadBPMAPAllSeqHeader()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ReadBPMAPAllSeqHeader(rMAT)
ReadBPMAPAllSeqHeader()所属R语言包：rMAT

                                        Reading All the BPMAP Sequence Header
                                         读取所有BPMAP的序列头

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reading the header of a specified sequence in the BPMAP file. Several sequences could be stored in a single Affymetrix Tiling Array. For example, an array could contain probes from Chromosome 21 and Chromosome 22. The sequenceNum uniquely specifies a sequence. Information about this sequence could be determined in this function. The total number of sequences a tiling array contains can be determined in ReadBPMAPHeader(fileName). The sequenceNum indexes from 0 to (total number of sequences -1).
读取头的在BPMAP文件指定的序列。 Affymetrix公司在一个单一的瓦片阵列，可以存储多个序列。例如，数组可以包含从21号染色体和22号染色体的探针。 sequenceNum唯一指定一个序列。这个序列的信息可以在此功能决定的。平铺阵列包含序列的总数，可以决定在ReadBPMAPHeader（文件名）。从0到sequenceNum指标（序列总数-1）。


用法----------Usage----------


ReadBPMAPAllSeqHeader(fileName)



参数----------Arguments----------

参数：fileName
the full path of the BPMAP file to be read.
要读取的BPMAP文件的完整路径。


Details

详情----------Details----------

The BPMAP Sequence Header gives information about the design of the tiling array.
BPMAP的序列头给切片阵列的设计信息。


值----------Value----------

A list of vectors containing SeqName, GroupName, version, npnrobeMapping, seqNum, and NumHits.
列表一个含有SeqName，GroupName的版本，npnrobeMapping，SEQNUM和NumHits的向量。


作者（S）----------Author(s)----------



Charles Cheung, <a href="mailto:cykc@interchange.ubc.ca">cykc@interchange.ubc.ca</a> and
Raphael Gottardo, <a href="mailto:rgottard@fhcrc.org">rgottard@fhcrc.org</a>
Arnaud Droit, <a href="mailto:arnaud.droit@crchuq.ulaval.ca">arnaud.droit@crchuq.ulaval.ca</a>




参见----------See Also----------

BPMAPCelParser() for an one-step BPMAP/CEL parser and affyTile for information about the package.
BPMAPCelParser()一个一的一步BPMAP / CEL的解析器和affyTile包信息。


举例----------Examples----------



####################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃]
#The data are in inst/doc folder in rMAT package.[数据INST / DOC rMAT包中的文件夹。]
####################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃]


pwd&lt;-"" #INPUT FILES- BPMAP, ARRAYS, etc.[输入档案BPMAP，阵列等]
path<- system.file("doc/Sc03b_MR_v04_10000.bpmap",package="rMAT")

bpmapFile<-paste(pwd,path,sep="")

pathCEL<- system.file("doc/Swr1WTIP_Short.CEL",package="rMAT")
arrayFile<-paste(pwd,c(pathCEL),sep="")


# Show the all the different sequences[在所有不同的序列]
ReadBPMAPAllSeqHeader(bpmapFile)


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