computeMATScore(rMAT)
computeMATScore()所属R语言包：rMAT
Detection of enriched regions
富硒区域的检测
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function is used to compute the rMAT scores following normalization of expression values in order to locate putative enriched regions. This function is now defunct now defunct and you should instead use 'computeMATScore'.
这个函数用来计算表达式的值标准化后，为了找到公认的富集区域的rMAT分数。此功能是现在倒闭现已解散的，你应该使用“computeMATScore的。
用法----------Usage----------
computeMATScore(tilingSet, cName=NULL, dMax=600, verbose=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：tilingSet
This object contains an ExpressionSet
此对象包含1 ExpressionSet的
参数：cName
Unique identifier of control name
控制名称的唯一标识符
参数：dMax
An integer value. The sliding window side of which the adjacent probes are to average upon in order to compute the rMAT score.
一个整型值。其中相邻探针是为了计算rMAT的得分平均后滑动窗口的一面。
参数：verbose
A logical value. If verbose is TRUE, progress information would be displayed.
一个逻辑值。如果verbose是TRUE，将显示进度信息。
Details
详情----------Details----------
For more details on the calculation of the rMAT score, pvalues, etc, please refer to the following paper: Johnson et al. Model-based analysis of tiling-arrays for ChIP-chip. Proc Natl Acad Sci USA (2006) vol. 103 (33) pp. 12457-62
计算得分rMAT，pvalues等更多细节，请参阅下列文件：约翰逊等人。基于模型分析的瓦片阵列芯片的芯片。 PROC基因科学美国（2006年）卷。 103（33）第12457-62
值----------Value----------
The rMAT Score, pValues, and regions. For the regions vector, let 0 denotes the unenriched region. If an enriched region is found, the interval of the region is labeled by a none 0 value. The first region detected is abeled 1 and the next regions are subsequently incremented.
分数的rMAT，pValues，和区域。为区域向量，让0表示unenriched区域。如果发现丰富的区域，该区域的时间间隔是没有0值标记。检测到的第一个区域是abeled 1和未来的区域随后递增。
作者（S）----------Author(s)----------
Charles Cheung, <a href="mailto:cykc@interchange.ubc.ca">cykc@interchange.ubc.ca</a> and
Raphael Gottardo, <a href="mailto:rgottard@fhcrc.org">rgottard@fhcrc.org</a>
Arnaud Droit, <a href="mailto:arnaud.droit@crchuq.ulaval.ca">arnaud.droit@crchuq.ulaval.ca</a>
参见----------See Also----------
NormalizeProbes, computeMATScore, callEnrichedRegions for normalizing expression values before computing the rMAT enriched regions.
NormalizeProbes，computeMATScore，callEnrichedRegions标准化之前，表达式的值计算的rMAT富集区域。
举例----------Examples----------
####################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃]
#The data are in inst/doc folder in rMAT package.[数据INST / DOC rMAT包中的文件夹。]
####################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃]
pwd<-"" #INPUT FILES- BPMAP, ARRAYS, etc.[输入档案BPMAP，阵列等]
path<- system.file("doc/Sc03b_MR_v04_10000.bpmap",package="rMAT")
bpmapFile<-paste(pwd,path,sep="")
pathCEL<- system.file("doc/Swr1WTIP_Short.CEL",package="rMAT")
arrayFile<-paste(pwd,c(pathCEL),sep="")
# Show the all the different sequences[在所有不同的序列]
ReadBPMAPAllSeqHeader(bpmapFile)
# create a tiling Set from the corresponding data[建立相应的数据平铺集]
# This will only grep the sequences with Sc[这只会用grep与SC序列]
ScSet<-BPMAPCelParser(bpmapFile, arrayFile, verbose=FALSE,groupName="Sc")
# show the object[显示对象]
show(ScSet)
# summarize its content[总结其内容]
summary(ScSet)
ScSetNorm<-NormalizeProbes(ScSet, method="MAT",robust=FALSE, all=FALSE, standard=TRUE, verbose=FALSE)
RD<-computeMATScore(ScSetNorm,cName=NULL, dMax=600, verbose=TRUE)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-26 13:03:44
