R语言 RMAPPER包 readMAPPER()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readMAPPER(RMAPPER)
readMAPPER()所属R语言包：RMAPPER

                                        Retrieve a set of predicted transcription factor binding sites from the MAPPER database
                                         从mapper数据库检索一组预测转录因子结合位点

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The MAPPER RPC interface allows you to retrieve a set of predicted transcription  factor binding sites from the MAPPER database through a simple HTTP request. This package provides a function to retrieve predicted TFBS from R.
映射器RPC接口可以让你找回了一套预测转录因子结合位点的映射数据库，通过一个简单的HTTP请求。这个包提供了一个函数来预测TFBS信息检索从河


用法----------Usage----------


readMAPPER(stub = paste(urlpath, "db-rpc?", sep = ""), ...)



参数----------Arguments----------

参数：stub
stub – a string giving the URL handle up to the db-rpc selector (optional)
存根 - 给URL字符串处理DB-RPC选择（可选）


参数：...
... – all the query parameters (see Details).
... - 所有的查询参数（见详情）。


Details

详情----------Details----------

Currently (9/10) the RPC interface to MAPPER defines the following parameters.  You can use any of these as keywords (with bindings supplied using "=", e.g., gene="CRP") to the readMAPPER function.
目前（9/10）MAPPER公司的RPC接口来定义以下参数。您可以使用任何这些作为关键字（绑定提供使用“=”，例如，gene="CRP"）readMAPPER函数。

gene - you can use either NCBI GeneID or mRNA accession number; gene  names should work too, but this is not recommended because there often  are multiple forms of the same gene. [required, unless 'list' is specified]
基因 - 您可以使用NCBI的GeneID或基因表达加入的数量;名工作过，但不建议这样做，因为经常有同一基因的多种形式。 [必需的，除非指定名单]

models - a comma-separated list of model names (to restrict the output  to these models only) [required, unless 'list' is specified]
模型 - 一个模型名称的逗号分隔的列表（限制输出到这些模型只）[必需的，除非指定名单]

score - the score threshold (0 by default)
比分 - 比分阈值（默认为0）

perc - the percentile (one of 50, 80, 85, 90, 95). Only hits with scores above  the desired percentile for each model are returned.
PERC  - 百分（50，80，85，90，95）。每个模型所需的百分以上的分数只命中返回。

eval - the E-value threshold (25 by default)
EVAL  -  E值的阈值（默认为25）

pbases - how many basepairs to look at (default: 2000). See pstart.
pbases  - 如何看待许多碱基（默认：2000）。看到PSTART。

pstart - what pbases is relative to (either T for transcript start or C  for coding sequence start - remember that in the db we have hits for the  region from 10,000 bp upstream of transcript start to 50bp after coding  sequence start)
，PSTART  - 是相对什么pbases（无论誊启动或编码序列开始ç的T  - 记住，我们在DB从10,000 bp的命中该区域上游转录启动编码序列的开始后，以50个基点）

sort - how to sort the results: either M (by model accession), N (factor  name), E (by E-value), S (by score), P (by position, the default)
排序 - 如何排序的结果：要么米（模型加入），氮（因素的名称），电子（E值），S（得分），磷（位置，默认）

org - two letter organism code
ORG  - 两个字母的有机体代码

list - returns a list of all TF names with the corresponding model accession numbers.  All other parameters are ignored.
列表 - 返回所有的TF名称与相应的模型加入数字列表。所有其他参数将被忽略。

If you issue rmapperHelp(), you will get a help page in text.
如果发出rmapperHelp()，你会得到一个文本中的帮助页面。


值----------Value----------

An instance of the mapperHits class.
的mapperHits类的实例。


作者（S）----------Author(s)----------


Vince Carey <stvjc@channing.harvard.edu>



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>   <code>mapperHits-class query hits</code>

举例----------Examples----------


# Run an example retrieving data from the MAPPER RPC interface for gene ID = NM_009696[从基因ID映射器RPC接口= NM_009696检索数据运行一个例子]
mh = readMAPPER(gene="NM_009696", perc="95", models="M00027")
# Display the mapperHits object returned by readMAPPER[显示的mapperHits对象由readMAPPER返回]
mh
# Display the exact query that was issued to the MAPPER RPC interface[显示发出映射器RPC接口的确切查询]
query(mh)
# Display the details of hits from the query [从查询显示命中的细节]
hits(mh)

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