R语言 Ringo包 upperBoundNull()函数中文帮助文档(中英文对照)

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upperBoundNull(Ringo)
upperBoundNull()所属R语言包：Ringo

                                        function to estimate upper limit of null distribution
                                         函数来估计，空分布的上限

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The data is assumed to arise from a mixture of two distributions, a symmetric null distribution with its mode close to zero, and an alternative distribution that is stochastically larger than the null. This function tries to pinpoint the minimum of data values that are more likely to arise from the alternative distribution, i.e. an upper bound for values following the null distribution.
假设数据来自混合分布，其模式接近于零的空对称分布，替代分布是随机比较大的空。这个函数试图找出更有可能出现的替代分布的数据值最低，即值后，空分布的上限。


用法----------Usage----------


upperBoundNull(x, modeMethod = "shorth", limits = c(-1, 1), prob = 0.99, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
numeric vector of data values
数字数据值的向量


参数：modeMethod
character string; which method to use for estimating the mode of the null distribution; see details
字符串;使用哪种方法来估计空分布的模式;查看详细信息


参数：limits
numeric of length 2; data values within this range are used for estimating the mode of the null distribution
长度为2的数字，在此范围内的数据值用于估计空分布模式


参数：prob
quantile of the null distribution that will be used as an upper bound
位数的，将被用来作为一个上限，空分布


参数：...
additional arguments that are passed on to the function for mode estimation
额外的参数传递模式估计函数


Details

详情----------Details----------

For estimating the mode of the null distribution, current options are
空分布模式估算，目前的选项




"shorth" the function shorth
的“shorth”功能shorth




"half.range.mode" the function
“half.range.mode”功能




"null" does not estimate the mode from the data, but sets it
“空”不估计从数据的模式，但其设置


值----------Value----------

a single numeric value which is the estimated upper bound for the null distribution.
一个单一的数值，这是开往空分布的估计上。


注意----------Note----------

This way of estimating the null distribution is mentioned in the PhD thesis of Richard Bourgon.
这种估计，空分布的方法是理查德Bourgon博士论文中提到的。


作者（S）----------Author(s)----------


Joern Toedling, based on suggestions
by Richard Bourgon



参见----------See Also----------

shorth, half.range.mode
shorth，half.range.mode


举例----------Examples----------


  exDir <- system.file("exData",package="Ringo")
  load(file.path(exDir,"exampleProbeAnno.rda"))
  load(file.path(exDir,"exampleX.rda"))
  smoothX <- computeRunningMedians(exampleX, probeAnno=exProbeAnno,
       modColumn = "Cy5", allChr = "9", winHalfSize = 400)
  apply(exprs(smoothX), 2, upperBoundNull)

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