R语言 Ringo包 readNimblegen()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readNimblegen(Ringo)
readNimblegen()所属R语言包：Ringo

                                        Function to read in Nimblegen Intensity Text Files
                                         函数读取的NimbleGen强度文本文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to read in Nimblegen Intensity Text Files into an RGList. Calls some other functions for actual reading of data. This function is to be used with two-color NimbleGen array data. Use the function read.xysfiles of the oligo package for single-color data.
函数RGListNimbleGen的强度文本文件中读入。调用实际数据读一些其他的功能。此功能是用于两色的NimbleGen阵列数据。使用功能read.xysfilesoligo单色的数据包。


用法----------Usage----------


readNimblegen(hybesFile, spotTypesFile, path = getwd(),
headerPattern="# software=NimbleScan",verbose = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：hybesFile
Name of the file describing the arrays. In limma this file would be called targets file.
描述阵列的文件名称。在limma这个文件将被称为“目标文件。


参数：spotTypesFile
spot types also used by limma
也用于limma当场类型


参数：path
Path to directoy that hold the files hybesFile, spotTypesFile and also the intensity files. Set this to NULL if you prefer the arguments hybesFile, spotTypesFile and the file-name entries of the hybes file to  be treated as absolute or relative file paths themselves.
路径directoy举行hybesFile，spotTypesFile“也是强度文件的文件。设置为NULL如果你喜欢的论点hybesFile，spotTypesFile的hybes文件的文件名的条目被作为绝对或相对文件路径本身处理。


参数：headerPattern
string; pattern used to identify explantory header lines in the supplied pair-format files
字符串;模式用在对格式的文件，以确定explantory头线


参数：verbose
logical; progress output to STDOUT?
逻辑;输出到STDOUT进展？


参数：...
further arguments passed on the readNgIntensitiesTxt
readNgIntensitiesTxt通过进一步的论据


值----------Value----------

Returns raw intensity values in form of an RGList.
返回一个RGList形式的原始强度值。


作者（S）----------Author(s)----------


Joern Toedling



参见----------See Also----------

rglist,
rglist


举例----------Examples----------


  exDir <- system.file("exData",package="Ringo")
  exRG <- readNimblegen("example_targets.txt","spottypes.txt",path=exDir)
  print(exRG)

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