R语言 Ringo包 corPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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corPlot(Ringo)
corPlot()所属R语言包：Ringo

                                        Function to plot correlation of different samples
                                         功能图不同样品的相关

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function can be used to visualize the (rank) correlation in expression data between different samples or sample groups.
此功能可用于可视化表达不同的样品或样本组之间的数据（排名）相关。


用法----------Usage----------


corPlot(eset, samples = NULL, grouping = NULL, ref = NULL,
   useSmoothScatter = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：eset
object of class ExpressionSet holding the array data, or a numeric matrix instead
对象的类ExpressionSet阵列数据或数字矩阵


参数：samples
which samples' expression shall be correlated to each other; either a numeric vector of sample numbers in the ExpressionSet or a character vector that must be contained in the sampleNames of the ExpressionSet, default NULL means take all samples in the ExpressionSet
样本的表达应彼此相关，无论是样本数ExpressionSet或特征向量，必须在的sampleNames，默认ExpressionSet所载的数字矢量NULLExpressionSet所有样品


参数：grouping
an optional factor vector defining if the correlation should be assessed between groups of samples, rather than individual samples. If two or more samples are assigned into the same group, the mean over these samples' expression values is taken before computing correlation. Default NULL means assess correlation between individual samples only.
如果评估组样品，而不是个别样品之间的相关性，应定义一个可选的因素向量。如果两个或两个以上的样本分配到同一组，对这些样本的表达值的平均值之前计算的相关性。默认为NULL，意味着评估只有个别样品之间的相关性。


参数：ref
reference than only applies if argument grouping is given; see relevel
只适用于参考，而如果参数grouping看到relevel


参数：useSmoothScatter
logical; should the function smoothScatter be used?  given; see relevel
逻辑;功能smoothScatter可以使用吗？ ;看到relevel


参数：...
additional arguments, not used yet
额外的参数，没有使用过


值----------Value----------

No useful return. The function is called for its side-effect to produce the pairs plot.
无有用回报。该功能被称为其副作用产生对图。


作者（S）----------Author(s)----------


Joern Toedling



参见----------See Also----------

ExpressionSet, relevel,   pairs,
ExpressionSet，relevel，pairs


举例----------Examples----------


   data(sample.ExpressionSet)
   if (interactive())
   corPlot(sample.ExpressionSet,
    grouping=paste(sample.ExpressionSet$sex,
    sample.ExpressionSet$type, sep="."))

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