R语言 Repitools包 sequenceCalc()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sequenceCalc(Repitools)
sequenceCalc()所属R语言包：Repitools

                                        Find occurences of a DNA pattern
                                         找到一个DNA模式的出现次数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to find all occurrences of a DNA pattern in given locations.
函数来查找所有出现的DNA模式在给定的位置。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'GRanges,BSgenome'
sequenceCalc(x, organism, pattern, fixed = TRUE, positions = FALSE)
  ## S4 method for signature 'data.frame,BSgenome'
sequenceCalc(x, organism, window = NULL, positions = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
A data.frame, with columns chr and position, or instead of the column position there can be columns start, end, and strand, or a GRanges object of the regions.
一个data.frame列，chr和position，而不是列position可以有列start，end，strand或GRanges对象的区域。


参数：window
Bases around the locations supplied in x that are in the window. Calculation will consider windowSize/2-1 bases upstream, and windowSize/2 bases downstream.
x窗口提供的地点周围的碱基。计算将考虑windowSize/2-1上游碱基，windowSize/2碱基下游。


参数：organism
The BSgenome object to calculate CpG density upon.
BSgenome对象计算的CpG密度后。


参数：pattern
The DNAString to search for.
DNAString搜索。


参数：fixed
Whether to allow degenerate matches.
是否允许退化比赛。


参数：positions
If TRUE  FALSE
如果TRUEFALSE的


参数：...
Arguments passed into the GRanges method
参数传递到GRanges方法


Details

详情----------Details----------

If the version of the data frame with the start, end, and strand columns is given, the window will be created around the TSS.
如果给出的数据框的起点，终点和钢绞线列的版本，将创建的窗口周围的TSS。


值----------Value----------

If positions is TRUE, a list of vectors of positions of matches in relation to the elements of x, otherwise a vector of the number of matches for each element of x.
positions如果是TRUE，x，否则vector匹配的每个元素的数量元素的匹配的位置向量列表x。


作者（S）----------Author(s)----------


Aaron Statham



参见----------See Also----------

cpgDensityCalc, mappabilityCalc, gcContentCalc
cpgDensityCalc，mappabilityCalc，gcContentCalc


举例----------Examples----------


require(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18)
TSSTable <- data.frame(chr=paste("chr",c(1,2),sep=""), position=c(100000,200000))
sequenceCalc(TSSTable, 600, organism=Hsapiens, pattern=DNAString("CG"))

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