R语言 Repitools包 regionStats()函数中文帮助文档(中英文对照)

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regionStats(Repitools)
regionStats()所属R语言包：Repitools

                                        Find Regions of significance in microarray data
                                         微阵列数据中发现具有重要意义的区域

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function finds the highest smoothed score cutoff for a pre-specified FDR. Smoothing is performed over a specified number of basepairs, and regions must have a minimum number of qualifying probes to be considered significant. The FDR is calculated as the ratio of the number of significant regions found in a permutation-based test, to the number found in the actual experimental microarray data.
该功能发现平滑得分最高的为预先指定的FDR截止。超过指定数量的碱基进行平滑和区域必须有一个最低合格探针被认为是显着的数量。FDR被置换为基础的测试中发现的重大区域的比例计算，在实际的实验芯片的数据中发现的数量。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'matrix'
regionStats(x, design = NULL, maxFDR=0.05, n.perm=5, window=600, mean.trim=.1, min.probes=10, max.gap=500, two.sides=TRUE, ndf, return.tm = FALSE, verbose=TRUE)
  ## S4 method for signature 'AffymetrixCelSet'
regionStats(x, design = NULL, maxFDR=0.05, n.perm=5, window=600, mean.trim=.1, min.probes=10, max.gap=500, two.sides=TRUE, ind=NULL, return.tm = FALSE, verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x
An AffymetrixCelSet or matrix of array data to use.
AffymetrixCelSet或matrix阵列数据使用。


参数：design
A design matrix of how to manipulate  
一个如何操作的设计矩阵


参数：maxFDR
Cutoff of the maximum acceptable FDR
截止最大可接受FDR


参数：n.perm
Number of permutations to use  
排列使用数


参数：window
Size of window, in base pairs, to check for  
窗口的大小，在碱基对，以检查


参数：mean.trim
A number representing the top and bottom fraction of ordered values in a window to be removed, before the window mean is calculated.
要删除一个数字代表的有序值的顶部和底部的一部分，在一个窗口，窗口前平均计算。


参数：min.probes
Minimum number of probes in a window, for the region to qualify as a region of significance.
最低数量的探针在一个窗口中，该区域有资格作为一个具有重要意义的区域。


参数：max.gap
Maximum gap between significant probes allowable.  
允许显著探针之间的最大差距。


参数：two.sides
Look for both significant positive and negative regions.
寻找两个显着的正面和负面的区域。


参数：ind
A vector of the positions of the probes on the array
阵列上的探针的位置矢量


参数：ndf
The Nimblegen Definition File for Nimblegen array data.
NimbleGen的定义文件的NimbleGen阵列数据。


参数：return.tm
If TRUE, the values of the trimmed means of the intensities and permuted intensities are also retuned from the function.
如果是TRUE，强度和置换强度修剪手段的值也从功能重新调整。


参数：verbose
Whether to print the progress of processing.
是否要打印的处理进度。


值----------Value----------

A RegionStats object (list) with elements
一个RegionStats元素对象（名单）


参数：regions
A list of data.frame. Each data.frame has columns chr, start, end, score.
一个data.frame列表。每个data.frame列chr，start，end，score。


参数：tMeanReal
Matrix of smoothed scores of intensity data. Each column is an experimental design.
矩阵强度数据平滑的分数。每一列是一个实验性的设计。


参数：tMeanPerms
Matrix of smoothed scores of permuted intensity data. Each column is an experimental design.
矩阵的置换强度数据平滑的分数。每一列是一个实验性的设计。


参数：fdrTables
List of table of FDR at different score cutoffs. Each list element is for a different experimental design.
在不同的得分截止FDR名单表。每个列表元素是不同的实验设计。


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(Repitools)
library(aroma.affymetrix)

# assumes appropriate files are at annotationData/chipTypes/Hs_PromPR_v02/[承担相应的文件是在annotationData/chipTypes/Hs_PromPR_v02 /]
cdf <- AffymetrixCdfFile$byChipType("Hs_PromPR_v02",verbose=-20)
cdfU <- getUniqueCdf(cdf,verbose=-20)

# assumes appropriate files are at rawData/experiment/Hs_PromPR_v02/[承担相应的文件是在rawData/experiment/Hs_PromPR_v02 /]
cs <- AffymetrixCelSet$byName("experiment",cdf=cdf,verbose=-20)
mn <- MatNormalization(cs)
csMN <- process(mn,verbose=-50)
csMNU <- convertToUnique(csMN,verbose=-20)

#&gt; getNames(cs)[> getNames（CS）]
# [1] "samp1"  "samp2"  "samp3"  "samp4"[1]“samp1”samp2“samp3”“samp4”]

design <- matrix( c(1,-1,rep(0,length(cs)-2)), ncol=1, dimnames=list(getNames(cs),"elut5_L-P") )

# just get indices of chr7 here[刚刚获得chr7这里的指数]
ind <- getCellIndices(cdfU, unit = indexOf(cdfU, "chr7F"), unlist = TRUE, useNames = FALSE)

regs <- regionStats(csMNU, design, ind = ind, window = 500, verbose = TRUE)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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