R语言 Repitools包 gcContentCalc()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

gcContentCalc(Repitools)
gcContentCalc()所属R语言包：Repitools

                                        Calculate The gcContent of a Region
                                         计算一个区域的gcContent

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to calculate the GC content of windows
函数来计算的Windows GC含量


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'GRanges,BSgenome'
gcContentCalc(x, organism, verbose = TRUE)
  ## S4 method for signature 'data.frame,BSgenome'
gcContentCalc(x, organism, window = NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
A GRanges object or a data.frame, with columns chr and either position or start, end and strand.
一个GRanges对象或data.frame列chr或者position或start，end和strand。


参数：window
Bases around the locations that are in the window. Calculation will consider windowSize/2 bases upstream, and windowSize / 2 - 1  bases downstream.
窗口的位置，在碱基周围。计算将考虑windowSize/2上游碱基，windowSize / 2 - 1 碱基下游。


参数：organism
The BSgenome object to calculate gcContent upon.
BSgenome对象计算gcContent后。


参数：verbose
Whether to print the progess of processing.
无论是打印处理陆侃。


参数：...
The verbose variable for the data.frame method, passed onto the GRanges method.
verbosedata.frame方法通过GRanges方法上，变量。


Details

详情----------Details----------

The windows considered will be windowSize/2 bases upstream and windowSize/2-1 bases downstream of the given position, for each position. The value returned for each region is a percentage of bases in that region that are a G or C.
窗户考虑将windowSize/2立足上游和windowSize/2-1根据给定的位置，每个位置，下游。每个区域返回的值是一个碱基在该区域的比例是一个G或C


值----------Value----------

A vector of GC content percentages, one for each region.
一个GC含量百分比的向量，每个区域之一。


作者（S）----------Author(s)----------


Aaron Statham



举例----------Examples----------


require(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18)
TSSTable <- data.frame(chr = paste("chr", c(1,2), sep = ""), position = c(100000, 200000))
gcContentCalc(TSSTable, 200, organism=Hsapiens)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。