R语言 Repitools包 enrichmentCalc()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

enrichmentCalc(Repitools)
enrichmentCalc()所属R语言包：Repitools

                                        Calculate sequencing enrichment
                                         测序富集计算

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to calculate enrichment over the whole genome of sequencing reads.
读取函数来计算，在全基因组测序的富集。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'GRanges'
enrichmentCalc(x, seq.len = NULL, verbose = TRUE)
  ## S4 method for signature 'GRangesList'
enrichmentCalc(x, verbose = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
A GRangesList or GRanges object. All chromosome lengths must be stored in the Seqinfo of this object.
一个GRangesList或GRanges对象。所有染色体的长度必须存储在此对象的Seqinfo。


参数：seq.len
If sequencing reads need to be extended, the fragment size to be used.
如果测序读取需要延长的，要使用片段大小。


参数：verbose
Whether to print the progress of processing.
是否要打印的处理进度。


参数：...
Argument seq.len above, not directly used in the GRangesList method.
参数seq.len上面，而不是直接在GRangesList方法使用。


Details

详情----------Details----------

If seq.len is supplied, x is firstly extended, and then turned into a coverage object. The number of extended reads covering each base pair of the genome is then tabulated, and returned as a data.frame.
seq.len如果提供x首先是扩展，覆盖对象，然后转身。扩展内容涵盖每个基因组的碱基对，然后表，返回data.frame。


值----------Value----------

For the GRanges method, data.frame containing columns coverage and bases. For the GRangesList method, a list of such data.frames.
GRanges方法，data.frame载列coverage和bases。对于GRangesList方法，如data.frame的名单。


作者（S）----------Author(s)----------


Aaron Statham



举例----------Examples----------


  require(GenomicRanges)
  data(samplesList)  # Loads 'samples.list.subset'.[负载“samples.list.subset”。]
  seqlengths(samples.list.subset)

  tc <- enrichmentCalc(samples.list.subset, seq.len = 300)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。