R语言 Repitools包 ChromaBlocks()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ChromaBlocks(Repitools)
ChromaBlocks()所属R语言包：Repitools

                                        A function to find areas of enrichment in sequencing data
                                         函数找到富集区的测序数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function discovers regions of enrichment in ChIP-seq data, using the method described in Hawkins RD. et al 2010 Cell Stem Cell.
发现此功能在芯片SEQ数据富集的区域，使用中霍金斯RD描述的方法。等2010单元干单元。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'GRangesList,GRangesList'
ChromaBlocks(rs.ip, rs.input, organism, chrs, ipWidth=100, inputWidth=500, preset=NULL, blockWidth=NULL, minBlocks=NULL, extend=NULL, cutoff=NULL, FDR=0.01, nPermutations=5, nCutoffs=20, cutoffQuantile=0.98, verbose=TRUE, seq.len=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：rs.ip
A GRangesList object containing reads from the Immunoprecipited sample. If multiple lanes are supplied, they are pooled.
一个GRangesList对象，其中包含读取从Immunoprecipited样本。如果提供了多个通道，他们汇集。


参数：rs.input
A GRangesList object containing reads from the Input (unenriched) sample. If multiple lanes are supplied, they are pooled.
一个GRangesList对象，它包含的内容从输入（unenriched）的样品。如果提供了多个通道，他们汇集。


参数：organism
The BSgenome object
BSgenome对象


参数：chrs
An character or integer vector with the indicies of the chromosomes of the organism object to analyse
character或integer vectororganism对象的染色体序号为分析


参数：ipWidth
Size in basepairs of the windows to use for the IP samples
碱基大小的窗口，使用的IP样本


参数：inputWidth
Size in basepairs of the windows to use for the Input samples
碱基大小的窗口，使用的输入样本


参数：preset
Either "small", "large" to use cutoffs described in Hawkins et al or NULL (where blockWidth, minBlocks must be specified)
无论是“小”，“大”霍金斯等人或NULL（其中blockWidth，minBlocks必须指定使用）所述截止


参数：blockWidth
Number of adjacent blocks to consider at once
相邻块的数量来考虑一次


参数：minBlocks
The minimum number of blocks required above cutoff
块以上cutoff所需的最低数量


参数：extend
Optional: whether to extend significant blocks until adjacent blocks are less than this value
可选：是否延长显着的块，直到相邻块小于这个值


参数：cutoff
Optional: the cutoff to use to call regions. If left as NULL a cutoff will be chosen which satisfied the specified FDR
可选：截止到使用调用区域。如果离开了NULL将选择一个截止满意指定FDR的


参数：FDR
The target False Discovery Rate; If cutoff is not supplied, one will be chosen to satisfy this value
cutoff如果不提供虚假的发现率目标;，一会被选择，以满足此值


参数：nPermutations
The number of permutations of the data to determine the cutoff at the supplied FDR
数据的排列数，以确定在所提供的cutoff FDR


参数：nCutoffs
The number of different cutoffs to try to satisfy the FDR, a higher value will give finer resolution but longer processing time
编号，以尽量满足不同截止FDR，更高的价值，将给予更高的分辨率，但较长时间处理


参数：cutoffQuantile
The quantile of the RPKM to use as the maximum cutoff tried; a higher value will give lower resolution but may be needed if a cutoff satisfying the FDR cannot be determined with the default value
位数的RPKM使用的最大截止尝试更高的价值，会给分辨率较低，但可能需要如果cutoff的满足FDR的不能用默认值确定


参数：verbose
logical, whether to output commments of the processing
逻辑，是否输出的处理commments的，


参数：seq.len
If sequencing reads need to be extended, the fragment size to be used
如果测序读取需要延长的，要使用片段大小


值----------Value----------

A ChromaResults object.
一个ChromaResults对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Aaron Statham



参见----------See Also----------

ChromaResults
ChromaResults

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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