binPlots(Repitools)
binPlots()所属R语言包：Repitools
Create line plots of averaged signal across a promoter
创建跨子平均信号线图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Using a specified ordering of genes, they are split into multiple bins. In each bin, the signal across is summarized and displayed visually.
使用指定的基因排序，他们被分成多个垃圾桶。在每一个垃圾桶，两端的信号进行了总结，并直观地显示。
用法----------Usage----------
## S4 method for signature 'ScoresList'
binPlots(x, summarize = c("mean", "median"), ordering = NULL,
ord.label = NULL, plot.type = c("line", "heatmap", "terrain"), n.bins = 10, cols = NULL,
lwd = 3, lty = 1, same.scale = TRUE, symm.scale = FALSE, verbose = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：x
A ScoresList object. See featureScores.
一个ScoresList对象。看到featureScores。
参数：summarize
How to summarise the scores for each bin into a single value.
如何总结成一个单一的价值每个bin的分数。
参数：ordering
A data.frame of either numeric or factor variables, with the same number of rows as the annotation used to create x, or a vector of such types.
一个data.frame数字或因素变量，与相同数量的行作为注释，或用于创建x这种类型的矢量。
参数：ord.label
Character string that describes what type of data the ordering is. e.g. "log2 expression". Used to label relevant plot axis.
字符串描述的顺序是什么类型的数据。例如“的log2表达”。用来标记相关的图轴。
参数：plot.type
Style of plot to draw.
图绘制的风格。
参数：n.bins
The number of bins to split the features into, before summarisation.
箱数分裂功能，前summarisation。
参数：cols
A vector of colours to use for the bins. In order from the lowest value bin, to the highest value bin.
向量使用的颜色的垃圾桶。为了从最低值彬，最高值斌。
参数：lwd
Line width of lines in line plot (either scalar or vector).
线图中的线（标量或矢量）的线条宽度。
参数：lty
Line type of line in line plot (either scalar or vector).
线线线图类型（标量或矢量）。
参数：same.scale
Whether to keep the scale on all plots be the same.
是否保留对所有图的规模是相同的。
参数：symm.scale
Whether the scale on plots is symmetrical around 0.
是否对图的规模是对称约0。
参数：verbose
Whether to print details of processing.
是否打印的细节处理。
Details
详情----------Details----------
If plotType = "line", a line is plotted for each bin across the promoter.
如果plotType = "line"，绘制相望启动的bin行。
If plotType = "heatmap", a series of bins are plotted as a heatmap. This can be useful to display a larger number of bins.
如果plotType = "heatmap"，作为热图绘制了一系列箱。这可能是有用的，显示一个较大的箱数。
If plotType = "terrain", a series of bins are plotted as a 3D-terrain map. This can be useful to display a larger number of bins.
如果plotType = "terrain"，作为一个三维地形图绘制了一系列箱。这可能是有用的，显示一个较大的箱数。
值----------Value----------
Either a single- or multiple-panel figure.
无论是单一或多个面板的数字。
作者（S）----------Author(s)----------
Mark Robinson
举例----------Examples----------
data(chr21genes)
data(samplesList) # Loads 'samples.list.subset'.[负载“samples.list.subset”。]
data(expr) # Loads 'expr.subset'.[负载“expr.subset”。]
fs <- featureScores(samples.list.subset, chr21genes, up = 5000, down = 1000, dist = "base", freq = 1000,
s.width = 500)
fs@scores <- list(tables(fs)[[2]] - tables(fs)[[4]])
names(fs) <- "PC-Norm"
binPlots(fs, ordering = expr.subset, ord.label = "expression", plot.type = "line", n.bins = 4)
binPlots(fs, ordering = expr.subset, ord.label = "expression", plot.type = "heatmap", n.bins = 8)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 12:47:16
