R语言 Repitools包 annotationCounts()函数中文帮助文档(中英文对照)

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annotationCounts(Repitools)
annotationCounts()所属R语言包：Repitools

                                        Counts the number of sequencing reads surrounding supplied annotations
                                         计数测序读取周围提供注解

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Counts are made in windows with boundaries fixed distances either side of a reference point.
在窗口边界固定参考点的距离任方计数。


用法----------Usage----------




<p># ANY,data.frame method <br>
<code>annotationCounts(x, anno, ...)</code> <br>
# ANY,GRanges method <br>
<code>annotationCounts(x, anno, up, down, ...)</code>

</p>



参数----------Arguments----------

Details

详情----------Details----------

If the genomic features annotation contains all unstranded features, the up and down distances refer to how far towards the start of a chromosome, and how far towards the end to make the counting window boundaries. If the annotation is all stranded, then the up and down distances are relative to the TSS of the features.
如果基因组功能注释包含的所有unstranded功能，up和down距离指对染色体开始，以及如何接近尾声，使计数的窗口边界。如果注解是所有滞留，然后up和down距离相对TSS的功能。


值----------Value----------

A matrix of counts is returned, one column per sample and one row per row of genomic features supplied.
返回一个matrix计数，每个样品和一列，每行所提供的基因组功能的一行。


作者（S）----------Author(s)----------


Aaron Statham



参见----------See Also----------

annotationBlocksCounts, genomeBlocks
annotationBlocksCounts，genomeBlocks


举例----------Examples----------


  require(GenomicRanges)
  reads <- GRanges(seqnames = rep("chr1", 5),
                   IRanges(c(3309, 4756, 4801, 4804, 5392), width = 36),
                   strand = c('+', '-', '-', '+', '+'))
  genes <- GRanges("chr1", IRanges(5000, 7000), strand = '+')

  annotationCounts(reads, genes, 500, 500, 300)

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