R语言 Repitools包 annotationBlocksLookup()函数中文帮助文档(中英文对照)

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annotationBlocksLookup(Repitools)
annotationBlocksLookup()所属R语言包：Repitools

                                        Forms a mapping between probe locations and chromosomal blocks (regions).
                                         形成了一个探针位置和染色体块（区域）之间的映射。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Starting from a table of genome locations for probes, and a table of regions of interest, this procedure forms a list structure that contains the indices to map from one to the other.
从探针的基因组位置表，表和一个区域的利益出发，此过程中形成一个列表结构，其中包含从一个映射到其他的指数。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'data.frame,data.frame'
annotationBlocksLookup(x, anno, ...)
  ## S4 method for signature 'data.frame,GRanges'
annotationBlocksLookup(x, anno, verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x
probe genomic locations, a data.frame with required elements chr, position, and optionally index
探针基因的位置，一个必需的元素data.frame与chr，position，并有选择地index


参数：anno
a data.frame with required elements chr, start, end, strand and optional element name. Also may be a GRanges with optional elementMetadata column name.
data.frame与所需的元素chr，start，end，strand“可选元素name。也可能是一个GRanges与可选elementMetadata列name。


参数：verbose
Whether to print progress to screen.
是否要打印到屏幕的进展。


参数：...
Represents the verbose parameter, when the data.frame,data.frame method is called.
“三个代表verbose参数，当data.frame,data.frame方法被称为。


Details

详情----------Details----------

Strandedness of probes is ignored, even if it is given.
探针strandedness被忽略，即使它被赋予的。

If x has no index column, then the probes are given indices from 1 to the number of probes, in the order that they appear in the data.frame or GRanges object.
如果x有没有索引列，然后探针指数从1到探针的数量，使他们出现在data.frame或GRanges对象。


值----------Value----------

A list with elements
与元素列表


参数：indexes
a list for each gene in y, giving a vector of indices to the probe data.
为每个基因在y列表，给人一种向量指数的探测数据。


参数：offsets
a list for each gebe in y, giving a vector (corresponding to indexes) of offsets relative to the start of the block.
为每个ygebe名单，给人一种块开始的相对偏移向量（对应indexes）。


作者（S）----------Author(s)----------


Aaron Statham, Mark Robinson



参见----------See Also----------

annotationLookup which simplifies annotation lookups for
annotationLookup从而简化注释查找


举例----------Examples----------


# create example set of probes and gene start sites[创建例如一套探针和基因起始位点]
probeTab <- data.frame(position=seq(1000,3000,by=200), chr="chrX", strand="+")
genes <- data.frame(chr="chrX", start=c(2100,2200), end=c(2500, 2400), strand=c("+","-"))
rownames(genes) <- paste("gene",1:2,sep="")

# Call annotationLookup() and look at output[致电annotationLookup（），并期待在输出]
annotationBlocksLookup(probeTab, genes)

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