R语言 Repitools包 annotationBlocksCounts()函数中文帮助文档(中英文对照)

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annotationBlocksCounts(Repitools)
annotationBlocksCounts()所属R语言包：Repitools

                                        Counts the number of sequencing reads within supplied genomic blocks.
                                         计数测序数量内提供的基因组块读取。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Counts reads inside blocks.
计数读取块内。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'ANY,data.frame'
annotationBlocksCounts(x, anno, ...)
  ## S4 method for signature 'character,GRanges'
annotationBlocksCounts(x, anno, ...)
  ## S4 method for signature 'GRanges,GRanges'
annotationBlocksCounts(x, anno, seq.len = NULL, verbose = TRUE)
  ## S4 method for signature 'GRangesList,GRanges'
annotationBlocksCounts(x, anno, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
A character vector of BAM paths, a GRangesList, or GRanges object.
一个BAM的路径特征向量，：GRangesList或GRanges对象。


参数：anno
A set of genomic features to make windows around a reference point of theirs. Either a data.frame with (at least) colums chr, start, and end, or a GRanges object.
一组基因的功能，使他们的参考点周围的窗户。要么data.frame（至少）columschr，start，end或GRanges对象。


参数：seq.len
If sequencing reads need to be extended, the fragment size to be used. Default: NULL (no extension).
如果测序读取需要延长的，要使用片段大小。默认值：NULL（没有扩展名）。


参数：verbose
Whether to print progress. Default: TRUE.
是否要打印的进展。默认：true。


参数：...
Parameters described above, that are not used in the top-level error-checking stage, but are passed further into a private function that uses them in its processing.
以上所述的参数，在顶层的错误检查阶段，不使用，但通过进一步使用在其加工成一个私有函数。


值----------Value----------

A matrix of counts is returned, one column per sample and one row per row of genomic features supplied.
返回一个matrix计数，每个样品和一列，每行所提供的基因组功能的一行。


作者（S）----------Author(s)----------


Aaron Statham



参见----------See Also----------

annotationCounts, genomeBlocks
annotationCounts，genomeBlocks


举例----------Examples----------


  require(GenomicRanges)
  reads <- GRanges(seqnames = rep("chr1", 5),
                   IRanges(c(3309, 4756, 4801, 4804, 5392), width = 36),
                   strand = c('+', '-', '-', '+', '+'))
  genes <- GRanges("chr1", IRanges(5000, 7000), strand = '+')
  annotationBlocksCounts(reads, genes, 300)

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