R语言 Repitools包 AdjustedCopyEstimate()函数中文帮助文档(中英文对照)

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AdjustedCopyEstimate(Repitools)
AdjustedCopyEstimate()所属R语言包：Repitools

                                        Container for results of GC adjusted copy number estimation.
                                         集装箱的GC调整后的拷贝数估计结果。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Contains the genomic coordinates of regions, the raw counts before GC adjustment, the GC content and mappability of each region, and the polynomial model fit, and the GC-adjusted copy number estimates.
包含区域的基因组坐标，调整的GC，GC含量和每个区域的mappability，多项式模型拟合，和拷贝数估计的GC调整前的原始计数。


构造----------Constructor----------

AdjustedCopyEstimate(ploidy, windows, mappability, gc, unadj.CN, models, adj.CN) Creates a AdjustedCopyEstimate object.
AdjustedCopyEstimate(ploidy, windows, mappability, gc, unadj.CN, models, adj.CN)建立AdjustedCopyEstimate的对象。




ploidy Sets of chromosomes in each sample.
ploidy设置每个样本中的染色体。




windows A GRanges object.
windows一GRanges对象。




mappability A numeric vector of mappability. Elements
mappability一个数字mappability向量。分子




gc A numeric vector of GC content Elements between 0 and 1.
gcGC含量元素0和1之间的一个数值向量。




unadj.CN A matrix of estimated copy numbers after mappability adjustment, but before GC content adjustment, if slot type
unadj.CN一个估计拷贝数矩阵调整后mappability的，但在此之前调整GC含量，如果插槽type




models The polynomial models that were fit to the counts.
models计数适合的多项式模型。




adj.CN A matrix of estimated copy numbers after mappability adjustment and GC content adjustment, if slot type is "absolute". Otherwise, a matrix of fold changes,
adj.CN矩阵的估计拷贝数，后mappability调整和GC含量调整，如果插槽type是"absolute"。否则，一折变化的矩阵，

Note that mappability and gc become metadata columns of windows when the object is created.
请注意，mappability和gc成为windows的对象被创建时的元数据列。


超----------Superclass----------

This class inherits from CopyEstimate.
这个类继承从CopyEstimate。


额外的插槽----------Additional Slots----------

These are added to by absoluteCN or relativeCN
这些被添加到absoluteCN或relativeCN




unadj.CN.seg A GRangesList of copy number segmentations
unadj.CN.seg的拷贝数分割GRangesList




adj.CN.seg A GRangesList of copy number segmentations
adj.CN.seg的拷贝数分割GRangesList




type A flag that contains if the copy number data is absolute or relative.
键入包含一个标志，如果是绝对或相对拷贝数数据。

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