R语言 Repitools包 absoluteCN()函数中文帮助文档(中英文对照)

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absoluteCN(Repitools)
absoluteCN()所属R语言包：Repitools

                                        Calculate and Segment Absolute Copy Number from Sequencing Counts
                                         计算和分部的绝对拷贝数排序计数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function uses the GCadjustCopy function to convert a matrix of count data into absolute copy number estimates, then it segments them, and reports the copy number of either the input regions or user-defined regions of interest.
使用此功能GCadjustCopy功能转换成绝对拷贝数估计矩阵的计数数据，然后它分部它们，并报告输入区域或用户自定义的区域利益的拷贝数。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'data.frame,matrix,GCAdjustParams'
absoluteCN(input.windows, input.counts, gc.params, ...)
  ## S4 method for signature 'GRanges,matrix,GCAdjustParams'
absoluteCN(input.windows, input.counts, gc.params,
                                                       segment.sqrt = TRUE, ..., verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：input.windows
A data.frame with (at least) columns chr, start, and end, or a GRanges object.
一个data.frame（至少）列chr，start，end，或农庄对象。


参数：input.counts
A matrix of counts. Rows are genomic windows and columns are samples.
一个矩阵的计数。行基因组窗口和列样品。


参数：gc.params
A GCAdjustParams object, holding parameters related to mappability and GC content correction of read counts.
一个GCAdjustParams对象，持有涉及到mappability和读取计数的GC含量校正参数。


参数：segment.sqrt
Whether to square root the absolute copy number estimates before running the segmentation.
无论是绝对拷贝数的平方根估计运行前的分割。


参数：...
For the data.frame method; the verbose variable and any additional parameters to pass to the segment function. For the GRanges method; additional parameters for the segmentation.
对于data.frame方法;verbose变量和任何额外的参数传递给segment功能。 GRanges方法;分割的附加参数。


参数：verbose
Whether to print the progess of processing.
无论是打印处理陆侃。


Details

详情----------Details----------

For details of the absolute copy number estimation step, see the documentation for GCadjustCopy.
绝对拷贝数估计一步的详细信息，请参阅文件GCadjustCopy。

For details of the segmentation, see segment documentation. By default, no weights are used.
分割的详细信息，请参阅segment文件。默认情况下，没有使用权重。


值----------Value----------

A CopyEstimate object. If regions was not provided, it describes the input windows, otherwise it describes the windows specified by regions.
一个CopyEstimate对象。如果regions不提供的，它描述了输入窗口，否则它介绍regions指定的窗口。


作者（S）----------Author(s)----------


Dario Strbenac



举例----------Examples----------


  ## Not run: [＃无法运行：]
    library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18)
    library(BSgenome.Hsapiens36bp.UCSC.hg18mappability)
    load("inputsReads.RData")
    windows <- genomeBlocks(Hsapiens, chrs = paste("chr", c(1:22, 'X', 'Y'), sep = ''),
                            width = 20000)
    counts <- annotationBlocksCounts(inputsReads, anno = windows, seq.len = 300)

    gc.par <- GCAdjustParams(genome = Hsapiens, mappability = Hsapiens36bp,
                             min.mappability = 50, n.bins = 10, min.bin.size = 10,
                             poly.degree = 4, ploidy = c(2, 4))
    abs.cn <- absoluteCN(input.windows = windows, input.counts = counts, gc.params = gc.par)
  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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