R语言 REDseq包 compareREDseq()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

compareREDseq(REDseq)
compareREDseq()所属R语言包：REDseq

                                         Compare two RED Sequencing Dataset
                                         比较两个红色的测序数据集

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

For early stage experiment without replicates, compareREDseq outputs differentially cut RE sites between two experimental conditions using Fisher's Exact Test.
对于没有重复的早期实验，compareREDseq输出差异削减稀土网站之间的两种实验条件下，采用Fisher精确检验。


用法----------Usage----------


compareREDseq(REsummary, col.count1 = 2, col.count2 = 3, multiAdj = TRUE,
multiAdjMethod = "BH", maxP = 1, minCount = 1)



参数----------Arguments----------

参数：REsummary
A matrix with a RE id column, 2 count/weight column, see examples  
与一个RE id列的矩阵，数/重量列，看到的例子


参数：col.count1
The column where the total count/weight for the 1st experimental condition is  
列总数/重量为1的实验条件下是


参数：col.count2
The column where the total count/weight for the 2nd experimental condition is  
列第二实验条件总数/重量


参数：multiAdj
Whether apply multiple hypothesis testing adjustment, TURE or FALSE  
是否适用于多种假设检验的调整，TURE或FALSE


参数：multiAdjMethod
Multiple testing procedures, for details, see mt.rawp2adjp in multtest package  
多个测试程序，有关详细信息，请参阅multtest包mt.rawp2adjp


参数：maxP
The maximum p-value to be considered to be significant
最大的P-值被认为是显着


参数：minCount
For a RE site to be included, the tag count from at least one of the experimental condictions >= minimumCount
对于重新站点被列入，标签数从至少一个实验性条件> = minimumCount


值----------Value----------


参数：p.value
the p-value of the test
p值的测试


参数：*.count
weight/count from the input column col.count1 and col.count2
重量/数量从输入列col.count1和col.count2


参数：*.total
total weight/count from input column col.count1 and col.count2
总重量/数量从输入列col.count1的和col.count2


参数：REid
the id of the restriction enzyme from the input
从输入ID的限制性内切酶


参数：odds.ratio
an estimate of the odds ratio for 2nd experimental condition vs. 1st experimental condition
第二实验条件下的胜算比估计与第一实验条件


参数：*.adjusted.p.value
applicable if multiAdj=TRUE, adjusted p.value using the method * specified in multiAdjMethod
如果multiAdj = TRUE，调整p.value使用方法*在multiAdjMethod指定


作者（S）----------Author(s)----------



Lihua Julie Zhu




参见----------See Also----------

binom.test.REDseq
binom.test.REDseq


举例----------Examples----------


x= cbind(c("RE1", "RE2", "RE3", "RE4"), c(10,1,100, 0),c(5,5,50, 40))
colnames(x) = c("REid", "control", "treated")
compareREDseq(x)

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