R语言 REDseq包 buildREmap()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

buildREmap(REDseq)
buildREmap()所属R语言包：REDseq

                                         Build a genome wide cut site map for a Restriction Enzyme (RE)
                                         构建全基因组的限制性内切酶切割现场图（RE）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Build a genome-wide cut map for a Restriction Enzyme (RE)
构建限制性内切酶的基因组全切图（RE）


用法----------Usage----------


buildREmap(REpatternFilePath, format = "fasta", BSgenomeName, outfile)



参数----------Arguments----------

参数：REpatternFilePath
File path storing the recognition pattern of a RE  
文件的路径存储在一个RE识别模式


参数：format
format of the pattern file, either "fasta" (the default) or "fastq  
格式的图案文件，无论是“FASTA”（默认）或“fastq


参数：BSgenomeName
BSgenome object, please refer to available.genomes in BSgenome package for details  
BSgenome对象，请参考BSgenome包available.genomes详情


参数：outfile
temporary output file for writing the matched chromosome location to  
临时输出文件写匹配的染色体上的位置


值----------Value----------

Output REmap as a RangedData
输出重映射为RangedData


作者（S）----------Author(s)----------



Lihua Julie Zhu




举例----------Examples----------


        library(ChIPpeakAnno)
        REpatternFilePath = system.file("extdata", "examplePattern.fa", package="REDseq")
        library(BSgenome.Celegans.UCSC.ce2)
        buildREmap( REpatternFilePath, BSgenomeName=Celegans, outfile=tempfile())

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。