R语言 reb包 fromRevIsh()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

fromRevIsh(reb)
fromRevIsh()所属R语言包：reb

                                         Convert from revish strings to a matrix  
                                         以矩阵转换从revish字符串

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function will convert two lists of revish style strings to a matrix format.
此功能将转换矩阵格式的两个的revish风格字符串列表。


用法----------Usage----------


fromRevIsh(enhList, dimList, chr, organism = "h")



参数----------Arguments----------

参数：enhList
list of enhanced bands on each individual sample  
加强对每个样品带列表


参数：dimList
list of diminished bands on each individual sample  
减少每个样品带列表


参数：chr
chromosome to examine  
染色体检查


参数：organism
character, "h" for human, "m" for mouse, and "r" for rat.
性格，“H”的人，“M”鼠标，“R”为鼠。


值----------Value----------

A matrix is returned. The rownames of this matrix correspond to the major bands located on that chromosome,  and the columns correspond to the sample names.
返回一个矩阵。矩阵rownames的对应位于该染色体上的主要频段，列对应的样本名。


作者（S）----------Author(s)----------



Karl J. Dykema, <a href="mailto:karl.dykema@vai.org">karl.dykema@vai.org</a>
Kyle A. Furge, <a href="mailto:kyle.furge@vai.org">kyle.furge@vai.org</a>




参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------




mb.chr <- buildChromCytoband("h")

data(mcr.eset)
data(idiogramExample)
        ## Create a vector with the index of normal samples[＃创建一个向量与正常样本指数]
norms <- grep("MNC",colnames(mcr.eset@exprs))
        ## Smooth the data using the default 'movbin' method, with the normal samples as reference and median centering[＃平滑使用默认“movbin”方法的数据，与正常样本作为参考和中位数定心]
cset <- reb(mcr.eset@exprs,vai.chr,ref=norms,center=TRUE)
        ## Mask the cset to remove noise[＃掩盖CSET消除噪音]
exprs <- cset[,-norms]
exprs[abs(exprs) < 1.96] <- NA
        ## Extract the aberrations on the 5th chromosome[＃提取物对5号染色体的畸变]
revish <- revish(exprs,vai.chr,"5")
        ## Convert back to matrix[＃转换为矩阵]
reconverted <- fromRevIsh(revish[[1]],revish[[2]],"5")


layout(cbind(1,2))
idiogram(cset[,-norms],vai.chr,"5",method="i",dlim=c(-2,2),col=.rwb,main="chr 5 reb results")
idiogram(reconverted,mb.chr,"5",method="i",dlim=c(-1,1),col=.rwb,main="chr 5 converted \n and re-converted")


       

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