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setNodeBorderColorRule(RCytoscape)
setNodeBorderColorRule()所属R语言包：RCytoscape

                                        setNodeBorderColorRule
                                         setNodeBorderColorRule

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Specify how data attributes &ndash; for the specified named attribute &ndash; are mapped to node color.  There are two modes:  'interpolate' and 'lookup'.  In the former, you specify data values ('control points') and colors; when a node's corresponding data attribute value is exactly that of a control point, the specified color is used.  If the node's data attribute falls between control points, then the color is interpolated. Note!  In the 'interpolate' mode, you almost always want to provide two additional colors: one for node data values falling below the minimum control point, one for node data values falling above the maximum control point.  If you provide an equal number of colors and control.points, the default.color is used to paint nodes above and below the specified range.  A useful data exploration strategy would be to use default.color <- '#000000' causing all extreme nodes to be painted black.
指定数据属性 - 指定的命名属性 - 如何映射到节点的颜色。有两种模式：“插”和“查找”。在前者中，你指定的数据值（“控制点”）和颜色时，相应的数据节点的属性值是准确，控制点，使用指定的颜色。如果节点的数据属性控制点之间的范围，然后颜色插值。注意！在“插”模式下，你几乎总是要提供两个额外的色彩：一个节点的数据值下降低于最低控制点，其中一个节点的数据值下降最大的控制点以上。如果你提供一个颜色和control.points平等，default.color用来绘制节点上方和下方指定的范围内。一个有用的数据，勘探战略，将使用default.color <- '#000000'导致所有极端的节点被漆成黑色。

The 'lookup' mode provides no interpoloation, and is useful when  you have a node attribute with a finite set of discrete values, each of which you you want to display in a specific color.  For example:  render all receptors in yellow, all transcription factors in blue, and all kinases in dark red.
“查找”模式提供没有interpoloation，是有用的，当你有一个有限集的离散值，其中每个你想在一个特定的颜色来显示节点的属性。例如：所有受体呈现黄色，蓝色的转录因子，激酶暗红色。


用法----------Usage----------


setNodeBorderColorRule(obj, node.attribute.name, control.points, colors, mode, default.color='#000000')



参数----------Arguments----------

参数：obj
a CytoscapeWindowClass object.  
CytoscapeWindowClass对象。


参数：node.attribute.name
the node attribute whose values will, when this rule is applied, determine the color of each node.
节点的属性，其值时，将应用此规则，确定每个节点的颜色。


参数：control.points
a list of values.  In the interpolate mode, a typical choice is the minimum, the maximum, some sensible midpoint.
一个值列表。在插补模式下，一个典型的选择是最低，最高，一些明智的中点。


参数：colors
a list of colors, either two more than the number of control points (if mode='interpolate'), in which case the first color is used for all attributes values below the minimum, and the last color is used for those above the maximum.   Or, if mode='lookup', the same number of colors as control.points are expected.  Colors are expressed as quoted hexadecimal RGB strings, e.g., '#FF0000' or '#FA8800'
颜色列表，要么比控制点的数量（如果模式=插），在这种情况下，第一种颜色的所有属性值低于最低使用，最后一种颜色被用于那些超过最大。或者，如果模式=查找，颜色相同数量预计control.points。颜色表示引述的RGB十六进制字符串，例如，＃FF0000或＃FA8800“


参数：mode
'interpolate' or 'lookup'.  This roughly corresponds to the visual mapping of continuously varying data (i.e., lfc or pValue), versus visual mapping of discrete data (i.e., molecule type, or phosphorylation status). With the interpolation mode, you must specify n+2 colors:  adding a 'below' and an 'above' color.  In lookup mode, specify exactly as many control.points as colors. If are data attribute values are found on the nodes which do not appear in  your list, they will displayed in the default color.
插或查找。这大致相当于不断变化的数据可视化映射（即LFC或pValue），与离散数据（即分子类型，或磷酸化状态）的可视化映射。与插补模式，你必须指定N +2色：加入“下面”和“上面”的颜色。在查找模式，正是许多control.points如颜色指定。如果是数据属性值不会出现在您的名单上的节点，它们将显示在默认的颜色。


参数：default.color
'#000000' (black) by default, to catch your eye.  Used primarily in mode=='lookup' and in mode='interpolate' if you fail to specify 'above' and 'below' values.
“＃000000”（黑），默认情况下，吸引您的眼球。使用模式==查找=插的模式主要是，如果你不指定“上面”和“下面”值。


值----------Value----------

None.
没有。


作者（S）----------Author(s)----------


Paul Shannon



参见----------See Also----------

setNodeShapeRule
setNodeShapeRule


举例----------Examples----------


  cw <- new.CytoscapeWindow ('setNodeBorderColorRule.test', graph=makeSimpleGraph())
  control.points &lt;- c (-3.0, 0.0, 3.0)   # typical range of log-fold-change ratio values[log倍的变化率值的典型范围]
    # paint negative values shades of green, positive values shades of[油漆负值色调的绿色，正面的价值观阴影]
    # red, out-of-range low values are dark green; out-of-range high[红色，范围的低值是深绿色;出范围的高]
    # values are dark red[值是暗红色]
  colors &lt;- c ("#00AA00", "#00FF00", "#FFFFFF", "#FF0000", "#AA0000")[00AA00“，”＃00FF00“，”＃FFFFFF“或者”＃FF0000“，”＃AA0000“）]
  setNodeBorderColorRule (cw, node.attribute.name='lfc', control.points, colors, mode='interpolate')
  redraw (cw)
  data.values <- c ("kinase", "transcription factor", "glycoprotein")
  colors &lt;- c ("#0000AA", "#FFFF00", "#0000AA") [0000AA“，”＃FFFF00“，”＃0000AA“）]
  setNodeBorderColorRule (cw, node.attribute.name='type', data.values,   colors, mode='lookup', default.color='#AA0000')[AA0000“）]

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