R语言 rama包 est.shift()函数中文帮助文档(中英文对照)

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est.shift(rama)
est.shift()所属R语言包：rama

                                        Estimate the shift used in the log transformation
                                         估计数转换中使用的移

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate the shift in the log transformation when fitting the
装修时，估计在log变换的转变


用法----------Usage----------


est.shift(sample1,sample2,B=1000,min.iter=0,batch=10,mcmc.obj=NULL,dye.swap=FALSE,nb.col1=NULL,all.out=TRUE,verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：sample1
The matrix of intensity from the sample 1. Each row corresponds to a different gene.
从样品1矩阵的强度。每一行对应一个不同的基因。


参数：sample2
The matrix of intensity from the sample 2. Each row corresponds to a different gene.
从样品2矩阵的强度。每一行对应一个不同的基因。


参数：B
The number of iteration used the MCMC algorithm.
迭代次数使用的MCMC算法。


参数：min.iter
The length of the burn-in period in the MCMC algorithm.min.iter should be less than B.
MCMC算法在烧伤期间的长度。min.iter应该小于B


参数：batch
The thinning value to be used in the MCMC. Only every batch-th iteration will be stored.
细化值将用于在MCMC方法。只有每batch次迭代将被保存。


参数：mcmc.obj
An object of type mcmc.shift, as returned by est.shift. If no mcmc.obj, the MCMC is initialized to the least squares estimates.
一个对象的类型mcmc.shift，est.shift返回。如果没有mcmc.obj，初始化最小二乘估计的MCMC。


参数：dye.swap
A logical value indicating if the experiment was a dye swap experiment.
一个逻辑值，指出如果实验是一种染料交换实验。


参数：nb.col1
An integer value correspinding to the number of arrays (columns) in the first group of the dye swap experiment. In other words, the number of replicates before the dyes have been swaped.  
一个整数的价值correspinding阵列（列）在第一组的染料交换实验。换句话说，复制之前，染料已Valpha和Vbeta。


参数：all.out
A logical value indicating if all the parameters should be outputted. If all.out is FALSE, only the posterior mean is outputted. This could be used to save memory.  
一个逻辑值，指示是否应输出的所有参数。 all.out如果是FALSE，只有后平均输出。这可以用来节省内存。


参数：verbose
A logical value indicating if the current MCMC iteration number should be printed out.
一个逻辑值，指出应打印出来，如果当前的MCMC迭代次数。


Details

详情----------Details----------

The estimation is done by fitting the same model (as in fit.model) with constant variance, Gaussian errors and a prior for the shift. The main purpose of this function is to estimate the shift in the log transformation. Parameter estimation is carried out using Markov Chain Monte
估计是通过拟合相同的模型（如在fit.model）恒定方差，高斯误差和前移位。这个函数的主要目的是估计在log转型的转变。利用马尔可夫链蒙特卡洛进行参数估计


值----------Value----------

An object of type mcmc.est containing the sampled values from the posterior distribution.
mcmc.est包含从后验分布的采样值类型的对象。


参数：mu
A vector containing the sampled values from mu, the baseline intensity.
一个向量，包含mu，基线强度的采样值。


参数：alpha2
A vector containing the sampled values from alpha2, the sample effect.
一个向量，包含采样值从alpha2，样本效应。


参数：beta2
A vector containing the sampled values from beta2, the dye effect.
一个向量，包含从beta2，染料效果的采样值。


参数：delta22
A vector containing the sampled values from delta_22, the dye*sample interaction.
一个向量，包含从delta_22，染料*样品互动的采样值。


参数：eta
A matrix, each row contains the sampled values from the corresponding array effect.
A矩阵，每一行包含从相应的阵列效果的采样值。


参数：gamma1
A matrix, each row contains the sampled values from the corresponding gene effect in sample 1.
A矩阵，每一行包含从相应的基因的作用在样品1的采样值。


参数：gamma2
A matrix, each row contains the sampled values from the corresponding gene effect in sample 1.
A矩阵，每一行包含从相应的基因的作用在样品1的采样值。


参数：lambda.gamma1
A vector containing the sampled values for the precision of the gene effect prior in sample 1.
一个向量，包含精密的基因效应在样品1事先的采样值。


参数：lambda.gamma2
A vector containing the sampled values for the precision of the gene effect prior in sample 2.
一个向量，包含精密的基因效应前样品2的采样值。


参数：rho
A vector containing the sampled values from between sample correlation coefficient rho
一个向量，包含采样值之间的样本相关系数rho


参数：lambda_eps1
A vector containing the sampled values from the gene precision in sample 1.
一个向量，包含从样品1的基因精确的采样值。


参数：lambda_eps2
A vector containing the sampled values from the gene precision in sample 2.
一个向量，包含从样品2的基因精确的采样值。


参数：shift
A vector containing the sampled values from the shift.
一个向量，包含从移位的采样值。


作者（S）----------Author(s)----------


Raphael Gottardo



参考文献----------References----------

Raphael Gottardo, Adrian E. Raftery, Ka Yee Yeung, and Roger Bumgarner

参见----------See Also----------

fit.model
fit.model


举例----------Examples----------


data(hiv)
### Initialize the proposals[＃初始化提案的]
mcmc.hiv<-est.shift(hiv[1:10,c(1:4)],hiv[1:10,c(5:8)],B=2000,min.iter=000,batch=1,mcmc.obj=NULL,dye.swap=TRUE,nb.col1=2)

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