R语言 R453Plus1Toolbox包 setVariantFilter()函数中文帮助文档(中英文对照)

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setVariantFilter(R453Plus1Toolbox)
setVariantFilter()所属R语言包：R453Plus1Toolbox

                                        Filters output of variant information
                                         变异信息的过滤器输出

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This functions sets the filter to display only those variants, whose amplicon coverage (in percent) in forward and reverse direction in at
此功能设置过滤器，以显示在正向和反向的方向，只有那些变种，其扩增覆盖率（％）


用法----------Usage----------


setVariantFilter(object, filter=0)



参数----------Arguments----------

参数：object
An instance of an link{AVASet-class} or MapperSet-class.
link{AVASet-class}或MapperSet-class的实例。


参数：filter
A filter value between 0 and 1. If two values are given in a vector, the variants are filterd according to the forward (first value)  and reverse direction (second value) separately. In this case, a variant has to meet both requirements.
0和1之间的一个过滤器值。如果两个值向量，根据的向前（第一个值）和反向（第二个值）分别filterd变种。在这种情况下，一个变种，以满足这两个要求。


Details

详情----------Details----------

Setting the filter affects the assayData and the featureData of the variant slot. See also getVariantPercentages for further details.
设置过滤器影响的assayData，变异槽featureData。还可以看getVariantPercentages对于进一步的细节。


值----------Value----------

setVariantFilter returns the given link{AVASet-class}/link{MapperSet-class} instance with an updated filter value.
setVariantFilter返回给定的link{AVASet-class}/link{MapperSet-class}更新的过滤值的实例。


作者（S）----------Author(s)----------


Christoph Bartenhagen



参见----------See Also----------

link{AVASet-class}, link{MapperSet-class}, getVariantPercentages.
link{AVASet-class}，link{MapperSet-class}，getVariantPercentages。


举例----------Examples----------



# load an AVA dataset containing 6 samples, 4 amplicons and 259 variants[加载AVA的数据集，其中包含6个样品，4扩增和259变种]
data(avaSetExample)
avaSetExample

# use only those variants that are covered by at least 10% of all reads in one sample in both directions together (259 -> 4 variants)[只有那些至少有10％的所有覆盖的变种在两个方向一起读一个样本（259  - > 4变种）]
avaSetExample = setVariantFilter(avaSetExample, filter=0.1)
avaSetExample

# use only those variants that are covered by at least 0.1% of all reads in one sample in forward direction[只使用那些覆盖所有的至少0.1％的变种读取一个样本的前进方向]
# and by at least 0% in reverse direction (259 -> 6 variants)[并在相反的方向至少0％（259  - > 6变种）]
avaSetExample = setVariantFilter(avaSetExample, filter=c(0.1, 0))
avaSetExample

# reset filter values to zero[重置过滤器的值为零]
avaSetExample = setVariantFilter(avaSetExample, filter=0)
# or simply[或者干脆]
avaSetExample = setVariantFilter(avaSetExample)


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