plotVariationFrequency(R453Plus1Toolbox)
plotVariationFrequency()所属R语言包：R453Plus1Toolbox
Create an AVA style variation frequency plot
创建一个AVA的风格变化频率图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This method creates a plot similar to the variation frequency plot in Roche's GS Amplicon Variant Analyzer. The plot shows the reference sequence along the x-axis and indicates variants as bars at the appropriate positions. The height of the bars corresponds to the percentage of reads carrying the variant. A second y-axis indicates the
此方法创建一个图相似，在罗氏公司的GS扩增子变异分析变异频率图。该图显示了沿x轴的参考序列，并表示在适当的位置条形的变种。条形的高度对应的账面变种读取的百分比。第二个Y轴表示
用法----------Usage----------
plotVariationFrequency(object, plotRange, ...)
参数----------Arguments----------
参数：object
A character pointing to an Amplicon Variant Analyser Global Alignmnet export file.
字符指向扩增变异分析仪全球Alignmnet出口文件。
参数：plotRange
A two dimensional numeric vector giving the start and end base of the reference sequence that should be plotted.
两维数字向量，应绘制的参考序列的开始和结束的基础。
参数：...
Arguments passed to other plotting methods. Especially, argument col: Optional character vector of length 7 specifying the bars' colors indicating different base substitutions or deletions. See details. And argument sequenceCex: Optional numeric value specifying the size of the reference sequence's bases.
参数传递给其他绘制方法。尤其是参数col：长度为7的可选特征向量指定的条形的颜色表示不同的碱基替换或删除。查看详情。和参数sequenceCex：可选的数值指定的参考序列的碱基规模。
Details
详情----------Details----------
The text file used as imput must have the format generated by the AVA export function. Such a file can be generated using the export button in the Global Alignment view of the AVA software. The col argument specifies the colours used for different bases and deletions. The following listing gives the meaning of the i-th position of the col vector (default values in braces):
为攀枝花钢铁集团的文本文件，必须由AVA导出功能生成的格式。这样一个文件，可以使用“导出”按钮，在全球的AVA软件对齐视图生成。 col参数指定使用的颜色不同的碱基和删除。下面的列表给出了山坳向量（括号中的默认值）的第i个位置的含义：
A (green)
A（绿色）
C (blue)
C（蓝色）
G (black)
G（黑）
T (red)
T（红色）
N (purple)
N（紫色）
deletion (gray)
删除（灰色）
作者（S）----------Author(s)----------
Hans-Ulrich Klein
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
file = system.file("extdata", "AVAVarFreqExport", "AVAVarFreqExport.xls", package="R453Plus1Toolbox")
plotVariationFrequency(file, plotRange=c(50, 150))
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 11:51:39
