R语言 R453Plus1Toolbox包 plotVariants()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotVariants(R453Plus1Toolbox)
plotVariants()所属R语言包：R453Plus1Toolbox

                                        Plots variant positions
                                         图备选案文立场

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function illustrates the positions and types of all variants within a given transcript.
此功能说明所有变种的位置和类型在给定的成绩单。


用法----------Usage----------


plotVariants(varData, transcript, legend=TRUE, regions=c(), regLabel="(region label)", col=c("grey","white","black","white"), title="")



参数----------Arguments----------

参数：varData
An instance of class annotatedVariants you get by calling annotateVariants.  If no such argument is supplied the data will be read from the Ensembl database automatically for all variants.
annotatedVariants调用annotateVariants类的一个实例。如果没有这样的说法提供的数据将被读取从Ensembl的数据库自动为所有变种。


参数：transcript
This argument can either be a string containing an Ensembl transcript-id or a data frame containing the associated Ensembl transcript information. In the latter case, the data frame requires the columns "ensembl_transcript_id", "rank", "cds_start", "cds_end" and "cds_length". If only the Ensembl transcript-id is passed, the function will return an appropriate data frame.
此参数可以是一个字符串，其中包含Ensembl的成绩单id或一个数据框包含相关Ensembl的谈话信息。在后一种情况下，数据框需要列“ensembl_transcript_id”，“等级”，“cds_start”，“cds_end”和“cds_length的”。如果只通过Ensembl的成绩单-ID，该函数将返回一个适当的数据框。


参数：legend
A logical value (TRUE/FALSE) whether to plot a legend that explains the type of mutation.
逻辑值（TRUE / FALSE），是否要绘制一个传说，解释了突变类型。


参数：regions
A vector with transcript positions (start and end for every region) to be highlighted in the plot.  It must have the form regions=c(start1, end1, start2, end2, start3, end3 ...).
与成绩单的位置矢量（开始和结束每一个区域）中的图加以强调。它必须有形式regions=c(start1, end1, start2, end2, start3, end3 ...)。


参数：regLabel
If legend=TRUE and regions were specified, it is recommended to give a short label that explains the highlighted  region(s).
如果legend=TRUE和regions被指定，它被推荐给一个简短的标签，说明高亮区域（S）。


参数：col
A vector specifying four colours for missense point mutations, silent point mutations, nonsense point mutations and deletions (in this order). By default, these mutations are drawn as grey, white, black arrows and grey diamonds respectively.
指定四种颜色为错义点突变，沉默点突变，无意义的点突变和缺失（按此顺序）的一个向量。默认情况下，这些突变为灰色，白色，黑色箭头和灰色钻石分别绘制。


参数：title
A title for the plot.
图的标题。


Details

详情----------Details----------

The plot shows only coding regions and distinguishes between
图中显示唯一的编码区和区分


值----------Value----------

If an Ensembl transcript-id is passed as transcript argument, the function will return a data frame containing the Ensembl transcript information required for plotting ("ensembl_transcript_id", "rank", "cds_start", "cds_end" and "cds_length"). This data frame may prove useful for future plots with the same transcript. <br> If such a data frame is passed directly, the function returns nothing.
如果Ensembl的成绩单IDtranscript参数传递，函数将返回一个数据框包含的Ensembl的成绩单绘图所需的信息（“ensembl_transcript_id”，“等级”，“cds_start”，“cds_end”和“cds_length的”）。这个数据框可能被证明为未来的图相同的成绩单有用。参考，如果这样的数据框直接传递，函数返回什么。


作者（S）----------Author(s)----------


Christoph Bartenhagen



参见----------See Also----------

annotateVariants.
annotateVariants。


举例----------Examples----------


# one missense, one nonsense point mutation and one deletion[一错，一个胡说八道的点突变和一个缺失]
variants = data.frame(
    row.names=c("missense", "deletion", "nonsense"),
    start=c(106157528, 106157635, 106193892),
    end=c(106157528, 106157635, 106193892),
    chromosome=c("4", "4", "4"),
    strand=c("+", "+", "+"),
    seqRef=c("A", "G", "C"),
    seqMut=c("G", "-", "T"),
    seqSur=c("TACAGAA", "TAAGCAG", "CGGCGAA"),
    stringsAsFactors=FALSE)

# annotate variants with affected genes, exons and codons (may take a minute to finish)[注释变种与受影响的基因，外显子和密码子（可能需要一分钟完成）]
## Not run: varAnnot = annotateVariants(variants)[＃无法运行：varAnnot = annotateVariants（变种）]

# plot variants vor transcript "ENST00000380013" and mark region within [700, 1000][图变种VOR成绩单“ENST00000380013”和标志区域内[700，1000]]
## Not run: plotVariants(varAnnot, transcript="ENST00000380013", legend=TRUE,regions=c(700,1500), regLabel="interesting region", title="'plotVariants' Example")[＃无法运行：plotVariants（varAnnot成绩单=“ENST00000380013”，传说= TRUE，区域= C（700,1500），regLabel =“感兴趣区域”，TITLE =“plotVariants”范例“）]

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