dinucleotideOddsRatio(R453Plus1Toolbox)
dinucleotideOddsRatio()所属R语言包：R453Plus1Toolbox
Dinucleotide Odds Ratio
核苷酸赔率比率
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function calculates the dinucleotide odds ratio for each of the sixtheen possible dinucleotides.
此功能为每个可能核苷酸sixtheen的计算核苷酸胜算比。
用法----------Usage----------
dinucleotideOddsRatio(object, xlab="Under-/over-representation of dinucleotides",
col="firebrick1", ...)
参数----------Arguments----------
参数：object
An object of class DNAStringSet, ShortRead or SFFContainer.
对象类DNAStringSet，ShortRead或SFFContainer。
参数：xlab
The X axis label.
X轴的标签。
参数：col
The plotting color.
绘制的颜色。
参数：...
Arguments to be passed to methods, such as graphical parameters (see "par").
参数被传递到方法，如图形参数（见“面值”）。
Details
详情----------Details----------
The dinucleotide odds ratio assigns a value between 0 and 2 to each of the sixtheen possible dinucleotides (AA, AC, AG, AT, CA, CC, CG, CT, GA, GC, GG, GT, TA, TC, TG, TT). For values below 1 the dinucleotide is under-represented compared to the randomly expected frequency of this dinucleotide in a sequence of the given length and with the given frequencies of the four nucleotides (A, C, G, T). For values above 1 this dinucleotide is over-represented.
核苷酸胜算比分配一个值介于0和2可能核苷酸sixtheen（AA，交流，公司的AT，加利福尼亚，CC，重心，CT检查，遗传算法，气相色谱，的GG，GT的，局长，总胆固醇，甘油三酯，测控）。对于值低于1的核苷酸是根据代表相比，随机预期的频率，这在一个给定长度的序列和核苷酸的四种核苷酸（A，C，G，T），给定的频率。对于大于1的值这个核苷酸被过度代表。
值----------Value----------
A matrix with sixtheen columns, one for each dinucleotide, containing the dinucleotide odds ratio values for each sequence in a seperate row.
一个矩阵sixtheen列，每个核苷酸含有核苷酸胜算比值，为每一个单独的行中的序列。
作者（S）----------Author(s)----------
Christian Ruckert
参考文献----------References----------
Bioinformatics, 2011 Mar 15;27(6):863-4.
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 11:49:22
