qvalue(qvalue)
qvalue()所属R语言包：qvalue
Estimate the q-values for a given set of p-values
Q-值估计给定的P-值
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Estimate the q-values for a given set of p-values. The q-value of a test measures the proportion of false positives incurred (called the false discovery rate) when that particular test is called significant.
Q-值估计给定的P-值。 Q值的测试措施，发生误报的比例（称为虚假的发现率）时，特定的测试被称为显着。
用法----------Usage----------
qvalue(p=NULL, lambda=seq(0,0.90,0.05), pi0.method="smoother", fdr.level=NULL, robust=FALSE, gui=FALSE,
smooth.df=3, smooth.log.pi0=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：p
A vector of p-values (only necessary input)
p值的一个向量（只需要输入）
参数：lambda
The value of the tuning parameter to estimate pi_0. Must be in [0,1). Optional, see Storey (2002).
调整参数值估计pi_0。必须在[0,1）。可选，见层高（2002年）。
参数：pi0.method
Either "smoother" or "bootstrap"; the method for automatically choosing tuning parameter in the estimation of pi_0, the proportion of true null hypotheses
无论是“平滑”或“引导”;自动调整参数选择pi_0估计的方法，真正的零假设的比例
参数：fdr.level
A level at which to control the FDR. Must be in (0,1]. Optional; if this is selected, a vector of TRUE and FALSE is returned that specifies whether each q-value is less than fdr.level or not.
在控制的FDR的水平。必须在（0,1]可选的向量。如果选择此选项，则返回TRUE和FALSE，指定是否每个Q值小于fdr.level或。
参数：robust
An indicator of whether it is desired to make the estimate more robust for small p-values and a direct finite sample estimate of pFDR. Optional.
是否需要作出估计更强大的小p值和直接有限pFDR的抽样估计的指标。可选的。
参数：gui
A flag to indicate to 'qvalue' that it should communicate with the gui. Should not be specified on command line. Optional.
一个标志，以示“qvalue”，它应该与鬼沟通。不应在命令行指定。可选的。
参数：smooth.df
Number of degrees-of-freedom to use when estimating pi_0 with a smoother. Optional.
数度自由使用时，估计pi_0顺畅。可选的。
参数：smooth.log.pi0
If TRUE and pi0.method = "smoother", pi_0 will be estimated by applying a smoother to a scatterplot of log pi_0 estimates against the tuning parameter lambda. Optional.
如果是TRUE和pi0.method=“平滑”，pi_0将应用平滑的散点图估计logpi_0对调整参数lambda估计 。可选的。
Details
详情----------Details----------
If no options are selected, then the method used to estimate pi_0 is the smoother method described in Storey and Tibshirani (2003). The bootstrap method is described in Storey, Taylor & Siegmund (2004).
如果没有选项被选中，则该方法用于估计pi_0层和Tibshirani（2003）描述的是平滑的方法。引导的方法，描述层，泰勒和西格蒙德（2004）。
值----------Value----------
A list containing:
一份列表，列出：
参数：call
function call
函数调用
参数：pi0
an estimate of the proportion of null p-values
估计的空p值的比例
参数：qvalues
a vector of the estimated q-values (the main quantity of interest)
（利益主体的数量的估计Q值的向量）
参数：pvalues
a vector of the original p-values
原来的p值向量
参数：significant
if fdr.level is specified, and indicator of whether the q-value fell below fdr.level (taking all such q-values to be significant controls FDR at level fdr.level)
如果fdr.level指定，并指示是否Q值跌破fdr.level（考虑所有这些Q值是显着的控制水平fdr.levelFDR）
作者（S）----------Author(s)----------
John D. Storey <a href="mailto:jstorey@u.washington.edu">jstorey@u.washington.edu</a>
参考文献----------References----------
of the Royal Statistical Society, Series B, 64: 479-498.
genome-wide experiments. Proceedings of the National Academy of Sciences, 100: 9440-9445.
interpretation and the q-value. Annals of Statistics, 31: 2013-2035.
conservative point estimation, and simultaneous conservative consistency of false discovery rates: A unified approach. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 66: 187-205.
参见----------See Also----------
qplot, qwrite, qsummary, qvalue.gui
qplot，qwrite，qsummary，qvalue.gui
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
p <- scan("pvalues.txt")
qobj <- qvalue(p)
qplot(qobj)
qwrite(qobj, filename="myresults.txt")
qobj <- qvalue(p, lambda=0.5, robust=TRUE)
qobj <- qvalue(p, fdr.level=0.05, pi0.method="bootstrap")
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 11:44:53
