R语言 qrqc包 plotBases-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotBases-methods(qrqc)
plotBases-methods()所属R语言包：qrqc

                                        Plot Bases by Position
                                         按位置图碱基

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plotBases plots the frequency or proportion of bases by position in the read.
plotBases图的频率或碱基的比例在读的位置。

plotBases uses the Sanger base color scheme: blue is Cytosine, green is Adenine, black is Guanine, red is Thymine, and purple in N (any base). Other IUPAC nucleotides are colored using RColorBrewer.
plotBases使用桑格的基本配色方案：蓝色是胞嘧啶，绿色是腺嘌呤，黑色是鸟嘌呤，红色是胸腺嘧啶，在N（任何碱基）紫色。其他颜色的IUPAC核苷酸使用RColorBrewer。


用法----------Usage----------


  plotBases(obj, type="freq", bases=NULL, legend=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：obj
an S4 object of class that inherits from SequenceSummary (either FASTASummary or FASTQSummary) from readSeqFile.
一个类的的S4对象继承SequenceSummaryFASTASummary（或者FASTQSummary或readSeqFile）。


参数：type
a character string that is either "freq" or "prop" indicating whether to plot frequencies or proportions on the y-axis.
一个字符串，要么是“频率”或“托”是否图频率或y轴的比例说明。


参数：bases
a vector of characters indicating which bases to include. The default value NULL indicates to plot _all_ bases.
字符的指示包括哪些碱基的向量。默认值NULL表示绘制_all_碱基的。


参数：legend
a logical value indicating whether to include a legend on the top right.
一个逻辑值，指明是否包括在右上角的一个传奇。


作者（S）----------Author(s)----------


Vince Buffalo <vsbuffalo@ucdavis.edu>



举例----------Examples----------


  ## Load a FASTQ file, with sequence hashing.[＃装入FASTQ的文件，序列的哈希。]
  s.fastq <- readSeqFile(system.file('extdata', 'test.fastq', package='qrqc'))

  ## Plot base frequencies[＃图基频]
  plotBases(s.fastq, type="freq")

  ## Plot base proportions[＃绘制碱基比例]
  plotBases(s.fastq, type="prop")

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