受累同胞对分析详细描述

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在同胞对分析中，最常用的也是最有效的是受累同胞对分析。受累同胞对连锁分析(affected sib-pair linkage analysis,ASP)是通过受累亲属标记座位的基因分布来检验标记等位基因与致病基因的分离是否独立,从而推断两者是否连锁的一种统计方法.若标记等位基因与致病基因的分离不独立,则这一结论就提供了两者遗传座位连锁的一种依据.同常用的lods连锁分析等技术相比,受累同胞对连锁分析方法具有许多优点1)不需要准确设定疾病的遗传模型,适用于不符合孟德尔遗传方式的复杂疾病的连锁定位分析;(2)对于迟发性遗传疾病很难获得多代的标记基因型与发病状态的数据,这时lods法等就无法应用,而受累同胞对法仍可应用.自1935年penrose提出受累同胞对分析法以来,这一方法已得到长足的改善与扩展,并取得了许多实际应用.

我们知道，正常的常染色体同胞对之间共享IBD个数为0，1，2的比例应为1：2：1，因此，如果受累同胞对之间共享IBD的比例不是1：2：1（不是严格的相等，是统计学意义上的相等），那么我们就怀疑这个等位位点可能与疾病有连锁关系。一下几个常用方法都是基于这个思想的。

1、
拟合优度卡方检验：假定我们总共取了n个受累同胞对，其中共享0、1、2个IBD的个数分别为file:///C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/msohtml1/07/clip_image002.gif，理论上他们共享0、1、2个IBD的个数应分别为file:///C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/msohtml1/07/clip_image004.gif，我们用我们以前学过的

拟合优度卡方检验来检验现在的实际频数与理论频数的差别。计算公式为

file:///C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/msohtml1/07/clip_image006.gif，该统计量服从自由度为1的卡方分布。

2、
均值检验：我们检验实际共享IBD的个数与理论共享IBD的个数之间的差异，如果差异显著，我们也认为该位点可能与疾病有关系。我们知道理论上一对同胞对共享IBD的个数的均值应为1（file:///C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/msohtml1/07/clip_image008.gif）。检验统计量为file:///C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/msohtml1/07/clip_image010.gif，根据中心极限定理，

我们知道该统计量在大样本情况下服从标准正态分布。

3、
比例检验：我们只考虑共享2个IBD的情况，因为共享2个IBD，同时都患病的同胞对越多，该位点与疾病连锁的可能性越多。我们知道共享2个IBD的个数file:///C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/msohtml1/07/clip_image012.gif服从一个二项分布file:///C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/msohtml1/07/clip_image014.gif，他的均值和方差分别为file:///C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/msohtml1/07/clip_image016.gif，因此检验统计量为file:///C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/msohtml1/07/clip_image018.gif，根据中心极限定理，在大样本情况下，

该统计量也服从一个标准正态分布。

以上我们介绍了通过用受累同胞对数据来进行连锁分析，为什么要用受累的同胞对呢？因为受累同胞对比一个受累另一个正常的同胞对提供的信息量要大，检验功效要大，但是有时候受累同胞对的数据量小，这个时候我们也可以通过考虑同胞对中一个受累、一个正常的情况下来做连锁分析，或者用两个同胞都是正常的情况下做连锁分析，但是他们的功效都没有受累同胞对大。

受累同胞对分析方法计算简单，思路清晰，不依赖于遗传模式，并且受累同胞对的数据常常能够得到，因此是一个比较常用的方法，但是他除了一些特殊情况下没有对重组率进行估计，这是他的一个缺点。