R语言 puma包 puma-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

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puma-package(puma)
puma-package()所属R语言包：puma

                                         puma - Propagating Uncertainty in Microarray Analysis
                                         PUMA  - 微阵列分析中蔓延的不确定性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Most analyses of Affymetrix GeneChip data are based on point estimates of expression levels and ignore the uncertainty of such estimates. By propagating uncertainty to downstream analyses we can improve results from microarray analyses. For the first time, the puma package makes a suite of uncertainty propagation methods available to a general audience. puma also offers improvements in terms of scope and speed of execution over previously available uncertainty propagation methods. Included are summarisation, differential expression detection, clustering and PCA methods, together with useful plotting functions.
Affymetrix基因芯片数据的分析是基于点估计的表达水平，而忽略了这种估计的不确定性。通过传播到下游分析的不确定性，我们可以提高芯片分析结果。第一次，PUMA包一套不确定性的传播方法提供给一般观众。彪马还提供超过先前提供的不确定性传播方法执行的范围和速度方面的改进。包括summarisation，差异表达检测，聚类分析和主成分分析方法，连同有用的绘图功能。


Details

详情----------Details----------

For details of using the package please refer to the Vignette
包使用的详细信息，请参阅的小插曲


作者（S）----------Author(s)----------



Richard Pearson, Xuejun Liu, Guido Sanguinetti, Marta Milo, Neil D. Lawrence, Magnus Rattray, Li Zhang

Maintainer: Richard Pearson <richard.pearson@postgrad.manchester.ac.uk>, Li Zhang <leo.zhang@nuaa.edu.cn>




参考文献----------References----------











举例----------Examples----------


        #        Next 4 lines commented out to save time in package checks, and saved version used[接下来的4行注释掉包检查，以节省时间，并保存版本使用]
    # if (require(affydata)) {[（要求（affydata））{]
        #        data(Dilution)[数据（稀释）]
        #        eset_mmgmos &lt;- mmgmos(Dilution)[< -  mmgmos eset_mmgmos（稀释）]
        # }[}]
        data(eset_mmgmos)
        pumapca_mmgmos <- pumaPCA(eset_mmgmos)
        plot(pumapca_mmgmos)
        eset_mmgmos_100 <- eset_mmgmos[1:100,]
        eset_comb <- pumaComb(eset_mmgmos_100)
        eset_combImproved <- pumaCombImproved(eset_mmgmos_100)
        esetDE <- pumaDE(eset_comb)
        esetDEImproved <- pumaDE(eset_combImproved)

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注：
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