orig_pplr(puma)
orig_pplr()所属R语言包：puma
Probability of positive log-ratio
正数比的概率
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This is the original version of the pplr function as found in the pplr package. This should give exactly the same results as the pplr function. This function is only included for testing purposes and is not intended to be used. It will not be available in future versions of puma.
这是的pplr功能pplr包中发现的原始版本。这应该给正好为pplr功能相同的结果。该功能仅用于测试目的，不拟使用。它不会在未来版本puma。
This function calculates the probability of positive log-ratio (PPLR) between any two specified conditions in the input data, mean and standard deviation of gene expression level for each condition.
此函数计算正数比率（PPLR）之间的任何两个指定的条件，在输入数据，平均和基因表达水平的标准偏差为每个条件的概率。
用法----------Usage----------
orig_pplr(e, control, experiment)
参数----------Arguments----------
参数：e
a data frame containing the mean and standard deviation of gene expression levels for each condition.
一个数据框包含的基因表达水平的均值和标准偏差为每个条件。
参数：control
an integer denoting the control condition.
整数表示的控制条件。
参数：experiment
an integer denoting the experiment condition.
整数表示的实验条件。
Details
详情----------Details----------
The input of 'e' should be a data frame comprising of 2*n components, where n is the number of conditions. The first 1,2,...,n components include the mean of gene expression values for conditions 1,2,...,n, and the n+1, n+2,...,2*n components contain the standard deviation of expression levels for condition 1,2,...,n.
输入E，应该是2 * n个组件，其中n是一些条件，包括一个数据框。第1,2，...，n部件包括基因表达值平均为条件1,2，...，N，N +1，N +2，...，2 * N个组件包含条件1,2的表达水平的标准偏差，...，N。
值----------Value----------
The return is a data frame. The description of the components are below.
返回的是一个数据框。组件的描述如下。
参数：index
The original row number of genes.
原来的行数的基因。
参数：cM
The mean expression levels under control condition.
控制条件下的平均表达水平。
参数：sM
The mean expression levels under experiment condition.
实验条件下的平均表达水平。
参数：cStd
The standard deviation of gene expression levels under control condition.
控制条件下的基因表达水平的标准偏差。
参数：sStd
The standard deviation of gene expression levels under experiment condition.
实验条件下的基因表达水平的标准偏差。
参数：LRM
The mean log-ratio between control and experiment genes.
平均比对照组和实验的基因之间的log。
参数：LRStd
The standard deviation of log-ratio between control and experiment genes.
数比对照组和实验的基因之间的标准偏差。
参数：stat
A statistic value which is -mean/(sqrt(2)*standard deviation).
一个统计值，这意味着/（SQRT（2）*标准偏差）。
参数：PPLR
Probability of positive log-ratio.
概率正数的比例。
作者（S）----------Author(s)----------
Xuejun Liu, Marta Milo, Neil D. Lawrence, Magnus Rattray
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
Related method bcomb
此方法bcomb
举例----------Examples----------
data(exampleE)
data(exampleStd)
r<-bcomb(exampleE,exampleStd,replicates=c(1,1,1,2,2,2),method="map")
p<-orig_pplr(r,1,2)
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发表于 2012-2-26 11:35:14
