R语言 puma包 justmmgMOS()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

justmmgMOS(puma)
justmmgMOS()所属R语言包：puma

                                        Compute mmgmos Directly from CEL Files
                                         CEL文件直接计算mmgmos

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function converts CEL files into an exprReslt using mmgmos.
此功能转换成exprReslt使用mmgmos CEL文件。


用法----------Usage----------


justmmgMOS(..., filenames=character(0),
          widget=getOption("BioC")$affy$use.widgets,
          compress=getOption("BioC")$affy$compress.cel,
          celfile.path=getwd(),
          sampleNames=NULL,
          phenoData=NULL,
          description=NULL,
          notes="",
          background=TRUE, gsnorm=c("median", "none", "mean", "meanlog"), savepar=FALSE, eps=1.0e-6)

just.mmgmos(..., filenames=character(0),
           phenoData=new("AnnotatedDataFrame"),
           description=NULL,
           notes="",
           compress=getOption("BioC")$affy$compress.cel,
           background=TRUE, gsnorm=c("median", "none", "mean", "meanlog"), savepar=FALSE, eps=1.0e-6)



参数----------Arguments----------

参数：...
file names separated by comma.
用逗号分隔的文件名。


参数：filenames
file names in a character vector.
文件名称中的字符向量。


参数：widget
a logical specifying if widgets should be used.
逻辑指定是否应使用部件。


参数：compress
are the CEL files compressed?
CEL文件压缩？


参数：celfile.path
a character denoting the path ReadAffy should look for cel files.
字符表示的路径ReadAffy应该看看为CEL档案。


参数：sampleNames
a character vector of sample names to be used in the AffyBatch.
特征向量的样本名被用来在AffyBatch。


参数：phenoData
an AnnotatedDataFrame object.  
AnnotatedDataFrame对象。


参数：description
a MIAME object
MIAME对象


参数：notes
notes  
笔记


参数：background
Logical value. If TRUE, then perform background correction before applying mmgmos.
逻辑值。如果TRUE，然后前申请mmgmos执行背景校正。


参数：gsnorm
character. specifying the algorithm of global scaling normalisation.
字符。指定全球缩放标准化的算法。


参数：savepar
Logical value. If TRUE, the the estimated parameters of the model are saved in file par\_mmgmos.txt and phi\_mmgmos.txt.
逻辑值。如果TRUE，该模型的参数估计是保存在文件中杆\ _mmgmos.txt和phi \ _mmgmos.txt。


参数：eps
Optimisation termination criteria.
优化终止条件。


Details

详情----------Details----------

This method should require much less RAM than the conventional method of first creating an AffyBatch and then running mmgmos.
此方法应该比传统的方法首先创建一个AffyBatch然后运行mmgmos需要少得多的内存。

Note that this expression measure is given to you in log base 2 scale. This differs from most of the other expression measure methods.
请注意，这个表达式措施log碱基2规模。这不同于大多数其他表达测量方法。

The algorithms of global scaling normalisation can be one of "median", "none", "mean", "meanlog". "mean" and "meanlog" are mean-centered normalisation on raw scale and log scale respectively, and "median"  is median-centered normalisation. "none" will result in no global scaling normalisation being applied.
全球尺度标准化的算法可以是一个“中位数”，“无”，“意思”，“meanlog”。 “是什么意思”和“meanlog原料规模均值为中心的标准化和规模分别记录，”中位数“是中位数的中心标准化。 “无”，将导致被应用在没有全球性的比例标准化。


值----------Value----------

An exprReslt.
exprReslt。


参见----------See Also----------

Related class exprReslt-class and related method mmgmos
相关类exprReslt-class和相关的方法mmgmos

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